Алексеев не был искусным царедворцем и не искал внешних знаков признания своей деятельности. Однако через полгода после назначения начальником Генштаба ему присвоили звание генерал-адъютанта. Это была высочайшая милость, которую император мог оказывать военачальникам. По ключевому вопросу о влиянии Распутина на государственные дела Алексеев занял пассивную позицию. Неизвестно, подвергал ли он Распутина остракизму в докладах императору, но, когда императрица во время одного из посещений Ставки отвела Алексеева в сторону и сообщила ему о возможном визите Распутина, тот решительно высказался против этого, вызвав крайнее неудовольствие ее величества.

Отношения Алексеева с царем оставались сердечными до тех пор, пока его контакты с Гучковым, председателем Центрального ВПК, не стали известными Николаю. Истоки и характер этих контактов наилучшим образом иллюстрирует телеграмма, отправленная Гучковым с больничного ложа начальнику Генштаба 14 февраля 1916 года: «Имеется настоятельная необходимость переговорить с Вами, сообщить Вам обо всех аспектах деятельности ВПК и получить Ваши рекомендации, которые крайне важны для комитета».

Поскольку Гучков не был в состоянии прибыть в Ставку, он просил Алексеева принять своего заместителя Коновалова.

По мере того как политические устремления лидеров самодеятельных организаций приобретали все более широкую известность, контакты Алексеева с ними становились более редкими и менее невинными. 14 февраля 1916 года, в тот самый день, когда Алексеев получил вышеупомянутую телеграмму Гучкова, Аемке в своем дневнике записал, что, согласно некоторым замечаниям, брошенным генералом Пустовойтенко (генерал-квартирмейстер), оказывается, Гучковым, Коноваловым, генералом Крымовым и Алексеевым готовилось нечто вроде заговора. Возможно, Аемке, бывший, несмотря на свои почти большевистские убеждения, аккредитованным военным корреспондентом при Ставке, внес изменения в свой дневник, опубликованный в 1920 году, и обозначил (придумал) заговор задним числом. Но нет сомнений в том, что со стороны лидеров ВПК Гучкова, Коновалова и Терещенко систематически велась кампания с целью разоблачения перед Ставкой масштабов, как они называли, «саботажа» правительством Штюрмера их усилий по обеспечению стабильных военных поставок фронту. Знаменитое письмо, написанное Гучковым Алексееву в августе 1916 года, явилось лишь кульминацией этой кампании[50]. Реакцией Алексеева на все эти жалобы и обвинения стали попытки извлечь максимум пользы для армии из контактов с самодеятельными организациями, воздерживаясь от поощрения их политических аппетитов или обострения их отношений с правительством. И все же заговорщики из самодеятельных организаций не унимались. Судя по основанным исключительно на фактах свидетельствам генерала Деникина, они продолжали докучать Алексееву своими планами немедленных конституционных реформ, даже когда Алексеев находился на излечении в Крыму зимой 1916/17 года.

Во время отсутствия Алексеева его обязанности начальника штаба Верховного командования выполнял генерал Гурко. Однако секретные связи с Гучковым не прерывались и при нем. Тайная полиция, осуществлявшая негласное наблюдение за посетителями Гучкова, отмечала среди них и генерала Гурко. Это неудивительно: Гучков и Гурко знали друг друга с того времени, когда Гучков поступил добровольцем к бурам в 1898 году, а Гурко состоял военным представителем России при Оранжевой республике. Позднее, когда Гучков проявил большой интерес к военной реформе, Гурко состоял в группе офицеров, которая обсуждала законодательные проекты, запущенные Гучковым через думские комитеты. В начале 1917 года Гурко открыто поддержал политические требования оппозиции: перед уходом со своего поста исполняющего обязанности начальника штаба он поразил скучавшего и бездеятельного Николая II разговорами о неотложной необходимости создания «правительства народного доверия».