Управление федеральной службой безопасности осуществляется руководителем федерального органа исполнительной власти в области обеспечения безопасности через указанный федеральный орган исполнительной власти и его территориальные органы. Как уже было указано выше, органом исполнительной власти в области обеспечения безопасности является ФСБ России.

Таким образом, непосредственное управление федеральной службой безопасности осуществляется Директором ФСБ России, назначаемым на должность и освобождаемым от должности Президентом РФ. Данное управление осуществляется директором через ФСБ России и ее территориальные органы. Тем самым Закон подчеркивает главенствующую роль ФСБ России в системе органов федеральной службы безопасности.

Полномочия Директора ФСБ России урегулированы Положением о ФСБ РФ от 11.08.2003 г. №960 и Регламентом ФСБ России, утвержденным приказом ФСБ России от 18 сентября 2008 г. №46414. Директор ФСБ России несет ответственность за выполнение задач, стоящих перед органами безопасности, организует работу ФСБ России, руководит деятельностью органов безопасности, устанавливает полномочия должностных лиц органов безопасности по решению ими оперативно-служебных, организационно-штатных, кадровых, финансовых, производственно-хозяйственных и иных вопросов, принимает решения по вопросам, отнесенным к его компетенции, представляет ФСБ России в отношениях с другими органами государственной власти, гражданами и организациями, подписывает от имени ФСБ России договоры, соглашения и другие документы гражданско-правового характера, а также осуществляет иные полномочия, установленные законодательством Российской Федерации.

Более детально полномочия Директора ФСБ России закрепляются п. 11 Положения о ФСБ РФ от 11.08.2003 г. №960. Их условно можно подразделить на следующие группы:

1) относящиеся непосредственно к реализации направлений деятельности органов федеральной службы безопасности;

2) относящиеся к организации деятельности федеральной службы безопасности;

3) относящиеся к кадровому делу.

По состоянию на 23 апреля 2015 г. должность Директора ФСБ России в соответствии с Указом Президента от 12 мая 2008 г. №75015 занимает А. В. Бортников – генерал армии; имеет государственные награды: орден «За заслуги перед Отечеством» IV, III и II степени, орден «За военные заслуги», орден Почета, орден Дружбы, 6 медалей; награжден также наградами ряда зарубежных стран.

Основные направления деятельности ФСБ России обозначены в ст. 8 ФЗ о ФСБ от 03.04.1995 №40-ФЗ, в соответствии с которой деятельность органов ФСБ РФ осуществляется по следующим основным направлениям:

– контрразведывательная деятельность (ст. 9 ФЗ о ФСБ от 03.04.1995 №40-ФЗ);

– борьба с тероризмом (ст. 9.1 ФЗ о ФСБ от 03.04.1995 №40-ФЗ);

– борьба с преступностью (ст. 10 ФЗ о ФСБ от 03.04.1995 №40-ФЗ);

– разведывательная деятельность (ст. 11 ФЗ о ФСБ от 03.04.1995 №40-ФЗ);

– пограничная деятельность (ст. 11.1 ФЗ о ФСБ от 03.04.1995 №40-ФЗ);

– обеспечение информационной безопасности (ст. 11.2 ФЗ о ФСБ от 03.04.1995 №40-ФЗ).

Иные направления деятельности органов федеральной службы безопасности определяются федеральным законодательством. Так, Указом Президента РФ от 14 января 2013 г. №23 «О федеральных органах исполнительной власти, ответственных за определение мер по обеспечению безопасности судоходства в зонах безопасности, установленных вокруг искусственных островов, установок и сооружений, расположенных на континентальном шельфе Российской Федерации, а также мер по обеспечению безопасности таких искусственных островов, установок и сооружений»