Следующая группа органов ФСБ РФ – это органы безопасности в войсках, то есть управления (отделы) федерального органа исполнительной власти в области обеспечения безопасности в Вооруженных Силах РФ (далее – ВС РФ), других войсках и воинских формированиях, а также в их органах управления. Их статус регулируется Положением об управлениях (отделах) ФСБ РФ в ВС РФ, других войсках, воинских формированиях и органах (органах безопасности в войсках), утвержденным Указом Президента РФ от 07.02. 2000 г. №3189 (далее – Положение об отделах ФСБ РФ в ВС РФ от 07.02. 2000 г. №318).

В соответствии с п. 6 Положения об отделах ФСБ РФ в ВС РФ от 07.02. 2000 г. №318 в систему органов безопасности в войсках входят:

– Управление военной контрразведки (3 Управление) Федеральной службы безопасности Российской Федерации (далее именуется 3 Управление);

– управления и отделы ФСБ РФ по военным округам и флотам, округу Военно-воздушных сил и противовоздушной обороны, войскам национальной гвардии Российской Федерации, группам войск, объединениям центрального подчинения;

– отделы ФСБ РФ по объединениям, соединениям, воинским частям, гарнизонам, военным образовательным учреждениям профессионального образования, организациям Вооруженных Сил Российской Федерации, других войск, воинских формирований и органов.

Структура и организация деятельности 3 Управления определяются положением о нем, утверждаемым директором ФСБ России.

В системе органов безопасности в войсках образуется коллегия, в состав которой входят начальник 3 Управления (председатель коллегии), его первый заместитель и заместители (по должности), а также другие руководящие сотрудники 3 Управления и органов безопасности в войсках, включаемые в состав коллегии директором ФСБ России по представлению начальника 3 Управления.

Структура и штаты органов безопасности в войсках устанавливаются и изменяются директором ФСБ России по представлению начальника 3 Управления.

К третьей и четвертой группе органов федеральной службы безопасности относятся:

управления (отделы, отряды) федерального органа исполнительной власти в области обеспечения безопасности по пограничной службе (пограничные органы ФСБ России) (ст. 8, 11.1 ФЗ о ФСБ от 03.04.1995 №40-ФЗ);

другие управления (отделы) федерального органа исполнительной власти в области обеспечения безопасности, осуществляющие отдельные полномочия данного органа или обеспечивающие деятельность органов федеральной службы безопасности (другие органы безопасности) (ст. 8 ФЗ о ФСБ от 03.04.1995 №40-ФЗ).

Отделы или отделения в городах и районах субъектов РФ органами федеральной службы безопасности не являются и представляют собой структурные подразделения названных территориальных органов безопасности10.

К органам федеральной службы безопасности относятся также организации и подразделения, предназначенные для обеспечения деятельности федеральной службы безопасности, в том числе: авиационные подразделения; центры специальной подготовки; подразделения специального назначения, предприятия; образовательные и научные организации; экспертные, судебно-экспертные; военно-медицинские подразделения и организации; военно-строительные подразделения и др.

Распоряжением Правительства РФ от 12 августа 2010 г. №1348-р утвержден Перечень федеральных государственных унитарных предприятий, находящихся в ведении ФСБ России11.

ФСБ РФ является юридическим лицом, имеет действительное и условное наименования, эмблему, флаг и знамя, учреждаемые Президентом РФ, печать с изображением Государственного герба Российской Федерации и со своим наименованием, соответствующие печати, штампы, счета, в том числе валютные, в банках и других кредитных организациях (Указ Президента РФ от 13 ноября 1999 г. №1513 «Об учреждении геральдического знака – эмблемы Федеральной службы безопасности Российской Федерации»