Письма Филиппа были зашифрованы, но у Генриха секретарем по шифрам в то время служил 49-летний математик Франсуа Виет (1540-1603), основатель современной элементарной алгебры. Его теорему о корне и коэффициентах квадратных уравнений доныне изучают в школе. Он также был членом тайного совета и занимался адвокатской практикой. В 1588 году Виет прочитал зашифрованную испанскую депешу, адресованную Олесандро Фарнезе, герцогу Пармы, который командовал испанскими войсками Священной лиги.

С тех пор Генрих передавал Виету все новые перехваченные депеши, чтобы выяснить, сможет ли тот повторить свой успех. Виет, работая вместе с голландским криптоаналитиком Филиппом ван Марниксом, сумел примерно за год раскрыть шифр короля Испании Филиппа II, который до этого времени считался неуязвимым не только в Испании, но и в Ватикане – одном из серьезных криптологических центров того времени.

Во Франции дешифровальное отделение было создано при Людовике ХІІІ по предложению кардинала Ришелье. Его возглавил Антуан Россиньоль (1600-82), который создал дипломатический шифр, представлявший собой слогово-словарный код на 600 компонентов.

Антуан Россиньоль в первый раз приобрел популярность в 1626 году. Ему передали зашифрованное письмо, захваченное у курьера, который пробирался из осажденного города Реальмон, и до конца дня он дешифровал его. Из письма стало понятно, что армия гугенотов, удерживавшая город, находилась на грани гибели. Французы, которые к этому не подозревали об отчаянном положении гугенотов, вернули им письмо вместе с его расшифровкой. Теперь гугеноты знали, что их противник не отступит, и немедленно сдались. Так победа французов стала результатом дешифровки.

Могущество криптологии стало очевидным, поэтому Антуан Россиньоль и его сын Бонавентур получили высокие должности при дворе. Выдающееся мастерство и накопленный опыт по раскрытию шифров позволил Россиньолям понять, как создать более стойкий шифр, и они придумали так называемый «Великий шифр». Он применялся для шифрования наиболее секретных сообщений короля, скрывая детали его планов, замыслов и политических интриг.

В одном из этих сообщений вспоминалась одна из наиболее загадочных личностей во французской истории, человека в железной маске, но стойкость «Великого шифра» означала, что сообщение останется нерасшифрованным и непрочитанным в течение двух веков.

«Великий шифр» оказался настолько надёжным, что сумел противостоять усилиям всех криптоаналитиков той эпохи, пытавшихся выведать французские тайны, и даже следующих поколений дешифровщиков. К сожалению, после смерти отца и сына «Великий шифр» перестал применяться, а его подробности были быстро утеряны. Это привело к тому, что зашифрованные бумаги во французских архивах стало нечем расшифровывать.

Тем не менее этот шифр французская армия будет использовать более 100 лет. Известно, что даже Наполеон во время своих походов использовал шифры, которые были упрощенными вариантами шифра Россиньоля. Не менее известным был и «шифр Ришелье» – при его использовании текст сообщения разбивался на отрезки, буквы которых переставлялись в определенном порядке.

Россиньолю принадлежит также авторство известной доктрины о том, что «стойкость военного шифра должна обеспечить секретность сообщения в течение срока, необходимого для выполнения приказа. Стойкость дипломатического шифра должна обеспечивать секретность в течение нескольких десятков лет».

Россиньоли чрезвычайно плодотворно работали в сфере криптоанализа как при дворе Людовика XIII, так и в свите Людовика XIV. Например, захват крепости Эден королевской армией был ускорен благодаря тому, что Россиньоли прочитали зашифрованную просьбу её защитников о помощи, а после этого тем же шифром составили ответ, в каком жителе города извещались о бесполезности их надежд.