Во Флоренции Пиро Музефили, граф Сасетский, с 1546 по 1557 годы прочитал множество шифрованных сообщений, раскрыв среди других номенклаторы, которые использовались в переписке между французским королем Генрихом II и его послом в Дании. Криптоаналитическая экспертиза Музефили была настолько квалифицированной, что многие приезжали к нему, как и к Соро, с просьбой раскрыть для них шифры. Среди клиентов Музефили был и король Англии, который послал ему криптограмму, которая была найдена в подметках туфель, доставленных к его двору из Франции.

В XVI веке не только итальянские правители славились своими криптоаналитиками. Так, во Франции в дешифровке перехваченных депеш больше всего преуспел Филибер Бабу (1484-1557), который был первым государственным секретарем и казначеем короля Франциска I. Один наблюдатель описывал, как Бабу, «не имея алфавита, часто дешифровывал много перехваченных депеш на испанском, итальянском и немецком языках, хотя он не знал ни одного из этих языков или знал очень плохо, причем он рьяно работал над сообщением дни и ночи непрерывно в течение трех недель, прежде чем разгадывал одно слово. После того, как пролом был проделан, другое происходило очень быстро и напоминало разрушение стен».

Стоит заметить, что в то время, как Бабу не покладая рук работал на короля, король принимал у себя любовницу – чудесную жену Бабу. Бабу получил много милостей от короля, но трудно сказать, за что именно: за криптоаналитические успехи или за разрешение наставлять «рога».

В Голландии также работал блестящий криптоаналитик – фламандский дворянин Филипп ван Марникс, барон де Сент-Альдегонд (1538-98), автор мелодии современного национального гимна Нидерландов, правая рука Вильгельма Оранского, стоявшего во главе объединенного восстания голландцев и фламандцев против Испании. В 1577 году Голландией руководил испанский губернатор дон Хуан Австрийский, родной брат испанского короля Филиппа II. Его целью было свержение с трона королевы Англии Елизаветы, захват английской короны и бракосочетание с королевой Шотландии Марией Стюарт. Однако в июне того же года во Франции были перехвачены шифрованные письма дона Хуана.

Они были переправлены Марниксу, который через месяц раскрыл испанский шифр. После этого содержание писем через Вильгельма Оранского было доведено до сведения министра Елизаветы Френсиса Уолсингема. Уолсингем сразу же осуществил мероприятия по получению более полной информации и независимости от иностранных криптоаналитиков. С этой целью он направил в Париж талантливого юношу, который быстро расправлялся с шифрованными письмами. Это был Томас Фелипес, первый выдающийся английский криптоаналитик.

В результате проведенных мероприятий вся шифрованная переписка Марии Стюарт, в которой она давала согласие на заговор против Елизаветы и рекомендации относительно ее осуществления, расшифровывалось Фелипесом и поступало к Уолсингему. Эти письма и шифр, которым она пользовалась вместе с другими изменниками, послужили главным материалом для обвинения на заседаниях суда, который признал Марию Стюарт виновной в государственной измене. 8 февраля 1587 года в 8 часов утра она поднялась на эшафот, стала на колени и мужественно приняла от палача три удара топором. Таким образом, криптоанализ ускорил смерть Марии, королевы Шотландии.

В 1589 году королем Франции стал Генрих IV, который сразу же был вынужден вступить в ожесточенную борьбу со Священной лигой. Эта лига во главе с герцогом Майенским контролировала столицу и все другие большие города Франции, получая большие подкрепления в виде живой силы и денег от испанского короля Филиппа ІІ. Генрих был со всех сторон окружен противником. Но именно в это трудное для него время в его руки попала часть переписки Филиппа с испанским военачальником Хуаном Моро.