Вторым серьезным источником нарастающего напряжения было распространение католической реформации за пределами империи. Южные части Баварии стали центром распространения католического миссионерства и политической силы. Герцог Баварии Альбрехт V (правил в 1550—1579 гг.) с энтузиазмом возобновил реформу совета Трента. Он перекрыл пути проникновения протестантской ереси, собрав группу агентов, которые контролировали каждую баварскую церковь, проверяли школы, цензурировали книги. Иезуиты были приглашены в баварские школы и университеты, придворные часто обучались за рубежом. Новый стиль вероисповедания привел к становлению политической автократии в Баварии.

Когда протестантская аристократия попыталась возразить, Альбрехт исключил ее из баварского правительства, таким образом эффективно отодвинув ее до конца XVI в. Герцог Баварии правил своими территориями с такой неограниченной властью, каковой не было ни у одного правителя германских земель.

В прочих местах в Германии католики начали отвоевывать позиции. Между 1580 и 1610 гг. протестанты были изгнаны из нескольких городов, в том числе из Кельна, Ахена, Страсбурга, Вюрцбурга, Мюнстера. Везде иезуиты были на переднем фронте кампании. Они основывали школы и университеты, где проповедовалась германская обновленная церковь, и определяли специальности для обучения молодых католических принцев. Питер Канисиус (1521—1597) был одним из самых известных иезуитов-миссионеров в Германии в XVI в. Оплот иезуитов – церковь Святого Михаила в Мюнхене, построенная герцогами Баварскими, стала символом католической реформации. Эта церковь была построена в 1580 г., как раз когда был почти завершен собор Святого Петра в Риме, и представляла образец классической архитектуры реформированного папства. Современному туристу просто необходимо посетить две церкви, построенные с интервалом в век, – собор Святой Богородицы (XV в.) и церковь Святого Михаила (XVI в.), – чтобы уловить, насколько непреодолима пропасть между до– и постреформационной католической Германией. Готический собор Святой Богородицы грузно возвышается над городом, и его суровый неф как нельзя ярче выражает дух времени. В отличие от него церковь Святого Михаила изящна, гармонична в пропорциях и пышно украшена по фасаду, что было призвано показать гармонию и силу новой церкви.

До 1609 г. все шло к прекращению действия Аугсбургского мира. Правительство империи, остаток германского парламента, разрушило само себя в 1608 г., когда протестанты бойкотировали его решения. В 1609 г. наиболее активные протестанты сформировали союз протестантов для собственной защиты, возглавляемый выборщиком Пфальца. В ответ на это наиболее активные католики организовали лигу католиков, возглавляемую герцогом Баварским. Совет протестантов был слаб, поскольку лютеранский курфюрст Саксонии не хотел иметь ничего общего с кальвинистским курфюрстом Пфальца. Католическая лига была, к слову, также не столь сильна из-за враждебности между австрийскими Габсбургами и баварскими Виттельсбахами. Обе стороны были настроены на войну в 1609 г., когда два рейнских князя, Юлих и Клив, спорили из-за протестантских и католических прав. В итоге в 1614 г. перемирию пришел конец: Юлих перешел на сторону католиков, Клив – протестантов. И когда в 1618 г. в Богемии разразился кризис, его было уже нельзя остановить.

Нам будет проще понять проблемы того времени, если мы попытаемся представить себе Римскую империю как своеобразный микрокосм. Население империи было культурно очерчено их городами или пригородами, как в современном мире это очерчивают нации. Они отказывались принимать, как, собственно, и сейчас, воздействие чужих, тех, кто по-другому думает и говорит, хотя и живет рядом. Политики вели идеологическую холодную войну, в основе которой лежали скорее религиозные, нежели политические или экономические причины. Протестантские и католические страны сформировали свои союзы, чтобы противостоять власти. Когда правитель принимал католичество вместо лютеранства или наоборот, было необходимо сохранить локальные рамки этого конфликта. Исчез дух имперского объединения. Холодная война постепенно разгоралась, «теплея» и «теплея». Лидеры обеих сторон, уставшие от постоянных споров, считали, что могут самостоятельно решить проблемы. И когда они начали это выполнять, страна на 30 лет погрузилась в омут гражданской войны.