В Богемии Габсбурги столкнулись с еще более сильной оппозицией. Королевство Богемия было наиболее богатым и влиятельным в Австрии и, как Нидерланды для Испании Габсбургов, наиболее проблемным. Чехи были гордыми и убежденными протестантами. Они гордились двумя прочными национальными течениями протестантизма – утраквизмом (учение, схожее с лютеранством) и богемскими братьями (нечто схожее с кальвинистами), которые стремились вернуться к гуситскому движению начала XV в. и отделяли себя от реформации XVI в. Два столетия чехи упорно отстаивали свою независимость от католичества и немецкой культуры. Рудольф II не был тем человеком, который мог разобраться с ними. Меланхоличный и неуравновешенный, император уединился в Праге, в замке в Градчине, собирая свою коллекцию искусства, практикуя науку и магию; периодически он пытался возродить католицизм в Богемии, поддерживая католиков, поощряя миссионерскую работу иезуитов среди утраквистов и выпуская эдикты против богемских братьев. Но в 1609 г. правительство Богемии утонуло в восстании. Стремясь подавить его, Рудольф издал свою Грамоту о величии – самый полный перечень всех религиозных свобод, когда-либо существовавший в Европе. Очевидно, что Габсбурги не добились многого в Богемии.

В немецком регионе Римской империи в конце XVI в. царила экономическая депрессия. Ганзейский союз северных немецких городов, которые некогда являлись доминирующими центрами торговли на Балтийском и Северном морях, был не в состоянии конкурировать с Голландией, Данией и Англией. Старый путь в Италию, пролегавший через всю страну, потерял свое значение. В Юго-Западной Германии, где города в XV – начале XVI в. были особенно богаты, а их жители активны, политическая раздробленность ощущалась наиболее сильно, в результате чего страдала и экономика. Каждый князь, стремясь к единоличной власти на своем маленьком клочке земли, поднимал налоги и платы, что препятствовало развитию торговли и тормозило промышленность. Семейство Фуггер в Аугсбурге – ведущие банкиры в Европе в середине XVI в., в чьих руках находились серебро Тироля и венгерская медь, – загнало себя в долговую яму к концу века, их империя быстро разрушилась. Пока Фуггеры и прочие ведущие предприниматели Германии теряли свое благосостояние, а го рода пустели, правители, наоборот, доминировали как никогда ранее.

Правители, и католики и протестанты, были разочарованы религиозным перемирием, над которым они работали в 1555 г. Одним из источников бед была экспансия кальвинистов. В 1559 г. Фредерик III из Пфальца (1515—1576) представил исправленную версию кальвинизма для центральной части Рейна. Поддерживающие его князья, и католики и лютеране, протестовали против насилия над Аугсбургским миром. Гейдельберг, столица Пфальца, стал своеобразной «германской Женевой». В университетах в 1563 г. сложился гейдельбергский катехизис – вероисповедание для германских реформаторских (или кальвинистских) церквей. Однако принцы Нассау, Гессена и Анхальта довольно быстро отвергли лютеранство, примкнув к германской церкви. В 1613 г. о своем решении сменить вероисповедание объявил и правитель Бранденбурга, который, хотя он и оправдывал формулу «Чья власть, того и вера», разрешал лютеранам поддерживать свою религию. Два из трех протестантских князей были теперь кальвинистами. Только курфюрст Саксонии оставался лютеранином.

В Германии адепты новой германской церкви действовали более агрессивно, чем лютеране, поскольку их договор между католиками и лютеранами 1555 г. не касался. Фредерик III и его наследники в Пфальце взяли на себя лидерство в протестантстве и, обнаружив, что иные правители либо были настроены слишком враждебно, либо были апатичны и бездейственны, обратились за помощью к французским гугенотам и голландским кальвинистам. Хотя германская реформированная церковь страдала от нехватки динамизма, в отличие от кальвинизма в Западной Европе, это не было спонтанным явлением среди германских джентри и торговцев. Оно полностью контролировалось государством. Его рост строго ограничивался. Несмотря на то что оно было направлено против лютеранства, оно было слабо распространено среди католиков.