При епископе Ионафане из Каргополя в Петрозаводск перевели духовное училище, созданное по распоряжению архиепископа Аркадия в 1858 г. при Каргопольском женском монастыре для девочек из семей беднейшего духовенства и сирот. Переместившись в 1874 г. в губернский Петрозаводск, училище повысило свой статус, улучшилось его материальное обеспечение. В училище стали отдавать девочек из более обеспеченных семей епархиального духовенства, не забывали и сирот. Позднее женское епархиальное разместилось в каменном двухэтажном здании у моста, в котором епископ Ионафан освятил устроенную для воспитанниц церковь в честь и славу Покрова Пресвятой Богородицы. Ныне здесь, к стыду наших современниц, кроме женской больницы находится и городской абортарий.

В бытность Владыки Ионафана на улице Гоголевской напротив нового здания семинарии был построен новый двухэтажный Архиерейский дом с домовой церковью, в здании которого в годы советской власти был расположен Дом офицеров. В старом же Архиерейском доме разместилась Духовная консистория. В летней резиденции Олонецких епископов на Древлянке был обустроен домовой храм в честь и славу Преображения Господня. Дом с церковью в народе стали называть Архиерейской дачей, и жители окрестных домов приходили в храм помолиться вместе со своим Владыкой. Буквально в последние дни своего пребывания на Олонецкой кафедре, в начале 1877 года, Владыка Ионафан благословил строительство еще одной церкви в Петрозаводске – на Неглинском кладбище, которую горожане решили устроить в честь 100-летнего юбилея присвоения заводской слободе императрицей Екатериной Великой статуса города.

За свои неустанные труды епископ Ионафан был награжден орденами Святой Анны первой и второй степеней, Святого Владимира второй и третьей степеней, бриллиантовым крестом на клобук (15.05.1894 г.).

28 февраля 1877 г. епископа Ионафана перевели на древнюю Ярославскую и Ростовскую кафедру, там же через 10 лет он был возведен в сан Архиепископа (15.05.1883 г.).

Устроитель Ярославского епархиального женского училища (1881) и учредитель Ярославского православного братства Святого Димитрия Ростовского (1883). Пожизненный член Костромского православного Федоровско-Сергиевского братства (1887). Почетный член Московской (1893) и Казанской (1895) духовных академий. Духовный писатель. Корреспондент «Странника», «Церковных ведомостей», «Церковно-общественного вестника», «Ярославских епархиальных ведомостей» и др. где и похоронен в усыпальнице Спасо-Преображенского собора.

Осенью 1903 г. Владыка ушел на покой, оставшись жить в Спасо-Ярославском монастыре. 18 октября 1906 г., архиепископ Ионафан преставился ко Господу и был погребен в том же монастыре (в усыпальнице Спасо-Преображенского собора). После Великой Отечественной войны его останки были перенесены на городское кладбище на Туговой горе.

Выписка из списка духовенства «Архипастыри Костромской епархии за 150 лет существования (1745—1898 г.г.)» (К 50-летнему юбилею Преосвященнейшаго Виссариона, Епископа Костромского и Галичского. Кострома 1898 год):

Доселе здравствующий Высокопреосвященнейший Архиепископ Ярославский Ионафан, бывший епископ Кинешемской, в мире Иоанн Руднев, родился в Орловской губернии, сын священника. Первоначальное образование получил в Орловской семинарии. В 1843 г. окончил курс в Киевской Академии и определен учителем 2-го Белгородского духовного училища. В 1845 году получил ученую степень кандидата. В 1846 году учитель Орловской семинарии. В 1854 году сентября 30 пострижен в монахи. В 1855 г. инспектор Орловской семинарии. В 1860 г. Ректор Орловской семинарии и настоятель Спасо-Троицкого монастыря. В 1864 г. ректор Олонецкой семинарии. В 1866 г. июля 26\сентября 4 епископ Кинешемский. В 1869 г. августа 29 епископ Олонецкий. В 1877 г. февраля 28 – Ярославский. В 1883 г. мая 15 Архиепископ.