Согласно реформе 1764 г. Белгородская епархия была отнесена к третьему классу. Тогда произошло огромное сокращение числа монастырей и монашествующих. Уцелела Борисовская Тихвинская пустынь, полностью содержащаяся на иждивение графа П.Б. Шереметева. Это определило ее дальнейшую судьбу, на протяжении длительного времени Борисовская пустынь оставалась одной из самых известных высокодуховных обителей России.

В 1787 г. к Белгородской епархии была присоединена Курская земля и епархия стала называться Белгородская и Курская. Первым владыкой объединенной епархии стал Феоктист (Мочульский). В 1799 г. произошло разделение Белгородской епархии на Курскую и Белгородскую и СлободскоУкраинскую (позднее – Харьковскую). Согласно докладу Св. Синода от 1799 г., архиереи, занимавшие третьеклассные кафедры, должны были жить в губернском городе. Но, даже несмотря на это, уездный Белгород продолжал оставаться духовным центром Курской и Белгородской епархии, поскольку в нем почивали мощи свт. Иоасафа, почитавшегося народом задолго до его канонизации.

В 1801 г. Феоктист (Мочульский) был возведен в сан архиепископа. Являясь высокообразованным человеком, членом Санкт-Петербургской Академии Наук и почетным членом Харьковского университета, владыка особенно заботился о распространении просвещения в своей епархии. Он открывал во всех уездных городах епархиальные училища, сам составлял для них учебники, сформировывал кружки учителей. Белгородская малая духовная семинария при нем была преобразована в полную семинарию.

1911 г. стал особо знаменателен для Белгородской епархии. По инициативе императора Николая II состоялось торжественное прославление свт. Иоасафа Белгородского. Еще задолго до этого, по настойчивым просьбам жителей города и окрестных сел, не раз епархиальные власти возбуждали ходатайство перед высшей властью о причислении епископа Иоасафа к лику святых. Наконец, в 1910 г. император Николай II на докладе Св. Синода о необходимости и целесообразности канонизации епископа Белгородского и Обоянского Иоасафа наложил резолюцию: «Приемлю предположения Св. Синода с искренним умилением и полным сочувствием».

Торжественное мероприятие было назначено на 4 сентября 1911 г. В Белгород прибыли члены императорской семьи, официальные депутации от Государственной Думы, губернских, городских дум, и других общественных организаций. Крестными ходами шли богомольцы из других городов, так самым многочисленным был курский крестный ход, насчитывавший двадцать тысяч человек. Всего, по официальным данным, в Белгород прибыло более двухсот тысяч человек. Очевидцы вспоминали, что по сторонам дороги, по которой должны были нести мощи святителя, толпились увечные, калеки и бесноватые, самые тяжелые лежали вдоль обочины. Чаяния страдальцев оправдались, молитвами свт. Иоасафа слепые прозрели, глухие услышали, немые начали говорить, кричать и прыгать от радости, у калек выпрямлялись больные конечности.

В 6 часов раздался удар монастырского колокола, подхваченный всеми белгородскими церквами. Храмы стали наполняться народом. Народ повалил на площадь и несметной тесной толпой окружил монастырь. Войска и полиция с трудом сдерживали богомольцев. Торжественно и умилительно совершалась последняя панихида по свт. Иоасафу. После панихиды, митрополит с сослужащими архиереями вошел в пещеру, где покоились мощи свт. Иоасафа, архиереи благоговейно переложили их в новый кипарисовый гроб, митрополит замкнул его и передал ключи от гроба ключарю собора. Началась сокровенная и торжественная всенощная. В храм было дозволено войти только священнослужителям, но и те не все смогли уместиться в этот день в храме.