Вскоре после основания, Белгород был разорен литовцами, поэтому был временно перенесен на левую, луговую сторону реки (впоследствии – с. Старое Городище). В 1665 г. Белгород был возвращен на прежнее место. По обе стороны от Белгорода, на протяжении трехсот верст, шли земляные валы. Они охватывали территорию от реки Ворсклы до Дона. Эта укрепленная линия получила название Белгородской засечной черты, в нее входили двенадцать укреплений, среди которых самой сильной крепостью был Бел город.
Петр I заселил часть города ратными людьми белгородского гарнизона. В 1703 г. по указу царя для них была выстроена Успенско-Николаевская церковь.
В 1766 г. Белгород был уничтожен великим пожаром, после которого в 1768 г. был высочайше утвержден новый план городской застройки.
Второй важной датой для истории города стал 1869 г., когда через Белгород прошла Курско-Харьково-Азовская железная дорога.
В 1871 г. был устроен водопровод с водоподъемными воротами. Он снабжал город родниковой водой, которую забирал из-под исторической Белой (меловой) горы. Во время русско-турецкой войны, с 1 июля 1877 г. по 12 октября 1878 г. древний белгородский женский монастырь Рождества Пресвятой Богородицы, известный еще с 1635 г., принял раненых. Уход за ними был возложен на сестер. Об их добросовестной работе красноречиво свидетельствует тот факт, что из 863 подопечных госпиталя умерло только 20 человек.
4 мая 1904 г. Белгород посетил Николай II. В память этого, лучшая улица города – Корочанская, ведущая от железнодорожного вокзала к базарной площади, была переименована в улицу Николая II.
В 1905 г. в Белгороде было учреждено викариатство, епископ белгородский стал настоятелем Свято-Троицкого монастыря.
К 1917 г. в Белгороде было более двадцати храмов и три монастыря.
С уничтожением в 1930-х гг. Троицкого собора, статус кафедрального храма перешел к Преображенскому собору, а потом, с его закрытием, к Иоасафовскому. В настоящее время кафедральным собором Белгорода является Спасо-Преображенский собор.
Троицкий собор. В старину на территории центральной части Белгорода располагалась третья Белгородская крепость, от которой и пошел современный Белгород. Со второй половины XVII в. здесь находился воеводский двор, а с 1667 г. – резиденция всех белгородских митрополитов, епископов и архиепископов, управлявших обширной епархией. Здесь же был построен кафедральный Троицкий собор, ставший усыпальницей всех белгородских архиереев, начиная от первого Феодосия и кончая епископом Никодимом (Кононовым), зверски замученным в 1919 г. и канонизированном Юбилейным Собором Русской Православной Церкви. Главными святынями собора и всей Белгородской епархии являлись мощи свт. Иоасафа (Горленко) и икона Николы Ратного.
Свято-Троицкий храм монастыря – современник Белгорода. Он ведет свою историю от древней деревянной церкви Живоначальной Троицы, построенной еще в 1593 (по другим данным, в 1596) г. на Белой горе. Потом церковь перенесли на левый берег Северского Донца (ныне территория Старого города). Первоначальный храм был деревянный и маленький. Он погиб в большом белгородском пожаре, и в 1623 г. был восстановлен на средства казны, с двумя приделами в честь Похвалы Пресвятой Богородицы и прп. Михаила Малеина. В 1650 г. Троицкий храм, вместе с крепостью, был перенесен на правый берег реки.
С учреждением в Белгороде епархии, Свято-Троицкий храм был возведен на степень кафедрального собора. В 1690 г., при митрополите Белгородском и Обоянском Авраамии (Юхове), вместо деревянной церкви был заложен великолепный каменный собор, который строился семнадцать лет. Освятил собор в 1707 г. Белгородский митрополит Иустин (Базилевич). Этот храм помнил служение свт. Иоасафа (Горленко), его предшественников и последующих белгородских епископов и архиепископов. Жили владыки в располагавшемся рядом двухэтажном архиерейском доме. В 1706–1708 гг., по инициативе митрополита Иустина (Базилевича), при архиерейском доме была построена крестовая церковь свв. Антония и Феодосия Печерских. Интересна судьба этого храма. С перенесением кафедры из Белгорода в Курск, церковь была упразднена и переделана в монастырские кельи. В конце 1860 г. она была восстановлена, а при перестройке настоятельских келий епископом Сергием в 1864 г., в южной стороне здания была устроена новая домовая церковь во имя свт. Тихона Задонского, мощи которого были открыты за три года до этого.