Смута не миновала и отдаленного Мурома. В 1608 г. Муромцы присягнули второму самозванцу, но верны ему были недолго, и уже в следующем году принесли царю Василию Ивановичу повинную грамоту. Спокойствие воцарилось в Муроме раньше других русских городов. Находясь в стороне от тех путей, которыми двигались войска и разбойничьи шайки, Муром менее других пострадал в этом бедствии.

В 1778 г. Муром стал уездным городом Владимирского наместничества. Он удостоился посещения государей и особ императорской крови.

В XX в. с Муромом оказались связаны судьбы новомученников Российских: епископа Муромского, викария Владимирской епархии Александра (Трапицына) и священномученика Сергея Голощапова. Епископ Александр (Трапицын), в традициах того времени не служил в городе своего викариатства, а в первый раз прибыл в Муром лишь спустя два года после хиротонии. И тогда он провел в городе только четыре дня, в один из которых возглавил большой крестный ход из Благовещенского монастыря в городской собор. В советское время, изгнанные из Дивеева матушки составили при одном из муромских храмов свой «монастырь».

Богородицкий собор. Богородицкий собор занимал самое лучшее место в городе, на Воеводской горе, возвышающейся над Окой. Неизвестно, когда была построена в Муроме первая соборная церковь, но по всей видимости, это произошло не позднее начала XIII в. В этой соборной церкви в 1445 г. архиепископ Рязанский и Муромский св. Иона, впоследствии митрополит Московский, принял на свою епитрахиль, из рук князя Ивана Ряполовского, юных князей Ивана (будущего Ивана Великого) и Юрия, детей Московского великого князя Василия Васильевича Темного, гонимых Дмитрием Шемякой. В 1468 г. здесь молился, помня свое избавление от злобы Шемякиной, великий князь Иван Васильевич III.

В 1549 и 1552 гг. в соборе был Иван Грозный. Он же вместо деревянного храма построил каменный храм. В приделе собора, освященном во имя свв. апостолов Петра и Павла, покоились мощи муромских чудотворцев свв. Петра и Февронии. Князь Петр скончался в 1228 г. Вскоре за ним последовала и супруга его Феврония. Перед смертью, они приняли иноческий чин с именами Давида и Евфросинии. Петр, в схиме Давид, скончался в апреле, на святой неделе. Исторических сведений об их святой жизни нет. Теплая деревянная церковь Муромских чудотворцев Петра и Февронии существовала рядом с каменным собором. Когда она была упразднена – неизвестно.

Престолов в храме было пять. В верхнем этаже главный престол в честь Рождества Пресвятой Богородицы, приделы – в честь свв. апостолов Петра и Павла, прп. Алексия, человека Божия и Марии Магдалины. В нижнем этаже храм во имя Муромских чудотворцев свв. блгв. князя Петра и княгини Февронии.

В 1797 г. на средства надворного советника и московского городского головы Василия Яковлевича Жигарева была выполнена кипарисная рака свв. Петра и Февронии, снаружи обложенная вызолоченной медью.

На южной стене собора, в стеклянном футляре, хранился венок с могилы Александра II, пожалованный в память посещения Мурома Александром II в 1837 г. императором Александром III в 1887 г.

Рядом с собором был зимний каменный храм во имя Спаса Нерукотворного Образа с приделом Муромской иконы Божией Матери. Старожилы рассказывали, что он был построен в конце XVIII в. муромским купцом Бушуевым. До того, как в Богородицком соборе было проведено отопление, в этом храме служили в зимнее время.

В одной связи со Спасской церковью была высокая соборная колокольня. Время постройки ее неизвестно. Один из ее колоколов, весом триста пудов, был отлит в 1753 г.