В 1501 г. монастырь сгорел. Усердием настоятеля архимандрита Константина, он был восстановлен. Приемник Константина, архимандрит Кирилл продолжил дело восстановление монастыря и усмотрел что и Преображенская церковь, построенная князей Борисом, повредилась от пожара. При разборке северной стены, 4 июля 1509 г., были обретены нетленные мощи прп. Евфимия.

Главный собор Преображения Господня был построен в конце XVI в. и скрыл под собой прежний храм, обращенный в южный придел св. Евфимия, где под полом была скрыта могила подвижника Евфимия. Северный придел освящен в честь собеседника основателя – прп. Сергия Радонежского. Мощи прп. Евфимия были положены открыто в Преображенском храме, по правую сторону. Монастырь стал называться Спасо-Евфимиевским.

В начале XVII в. настоятель Спасского монастыря архимандрит Левкий принял в обитель способного рисовальщика и автора нескольких канонов святым Григория Отрепьева. Ровно год прожил в обители этот монах, а затем пропал так же внезапно, как и появился.

С нашествием литовцев и поляков, Спасский монастырь подвергся разорению, а архимандрит Герасим, приверженец Василия Шуйского, был вынужден бежать.

Спасо-Преображенский монастырь стал усыпальницей многих Суздальских князей и их потомков – князей Хованских и Пожарских, питавших особое благоговение к прп. Евфимию, и сделавших в монастырь немало вкладов. В монастыре был похоронен и легендарный князь Дмитрий Иванович Пожарский, скончавшийся в 1642 г. Прямых указаний на место захоронения князя Пожарского не было, и только в 1852 г. удалось установить его могилу. По указу Николая I, была открыта подписка, и на народные средства в 1855 г. над могилой князя Пожарского появилось надгробие, по проекту академика Горностаева. В 1881 г. суздальцы поставили над ним дорогой памятник каррарского мрамора в виде часовни, внутри нее были образа, горела неугасимая лампада. Памятник был торжественно освящен преосв. Феогностом.

В XVIII в. подворьем монастыря стал Троицкий монастырь[9], имевший прекрасную каменную церковь Св. Троицы и церковь св. Георгия.

В 1740 г. в монастыре была учреждена Суздальская семинария, для занятий прислан из Киева иеромонах Иустин Илляшевич. Но семинария просуществовала только четыре года. Занятия семинарии, прерванные на одиннадцать лет, продолжились после в суздальском архиерейском доме.

В 1764 г. монастырь потерял свои вотчины, а в 1767 г. при нем была учреждена т. н. «крепость» – отделение для «безумствующих колодников», а затем и для лиц, совершивших преступление против веры и церкви. Тюрьма в монастыре была закрыта только в 1905 г. Одним из самых известных ее узников был вещий монах Авель, о котором говорили, что он предсказал имена всех императоров России XIX в. И приход на их смену «мужичьей» власти. В монастыре особенно почитались две древние иконы: Корсуньский и Владимирский образа Божией Матери. Корсуньская икона была вкладом казначея Ивана Грозного Демида Ивановича Черемисинова, славившегося своим богатством и расположением царя. Богатейший оклад иконы является характерным памятником первоклассных работ этого времени.

Теплая Успенская и Благовещенская «о двух шатрах» церкви XVI в. были перестроены в позднее время и потеряли шатровые верха.

Столпообразная колокольня-звонница стояла отдельно от храма. Подобных звонниц в русской архитектуре известно всего пять. Она имела богатый красный звон. Самый большой колокол был вылит в 1691 г. и весил 566 пудов. Другой колокол «полиелейный» весом 355 пудов, был отлит усердием Демида Черемисинова в 1599 г., затем неоднократно переливался.