В 1764 г. императрицей Екатериной II была проведена секуляризационная реформа, упразднившая часть монастырей, а оставшуюся часть лишившая владений. Из 954 монастырей Русской Церкви, после 1764 г. действующими осталось 418.

В 1771 г., во время русско-турецкой войны, на Русь обрушилась беда – была занесена чума. Эпидемия охватила многие регионы центральной России, в том числе Москву. Попытка московского митрополита Амвросия ограничить поклонение чудотворной Боголюбской иконе Божией Матери у Варварских ворот Китай-города спровоцировала Чумной бунт – одно из самых крупных восстаний XVIII в. Правительством были предприняты существенные меры для борьбы с эпидемией. В частности, указ 1771 г. положил конец существованию Божиих домов (скудельниц) и кладбищ при церквях. Отныне, для погребений отводились специальные территории за городской чертой.

Церковь разделила со своим народом скорби 1812 г. Храмы подвергались обстрелам и разрушениям, церковные сокровища похищались, горели уникальные монастырские древлехранилища, но между тем духовенство оказывало посильную помощь в борьбе с неприятелем.

В 1821 г. в Калужской земле произошло одно знаменательное событие. При монастыре Оптина пустынь был основан Предтеченский скит. Так было положено начало знаменитому оптинскому старчеству.

Наибольшие потрясения принес XX в. В начале столетия доживали свои последние тихие годы русские монастыри. Еще в самом начале века нес подвиг старчества в скиту Троице-Сергиевой лавры прп. Варнава Гефсиманский. Он скончался в 1906 г. и в том же году, в Зосимовой пустыни на старчество был благословлен св. Алексий (Соловьев). Последними старцами Оптиной пустыни были препп. Анатолий (†1922), Нектарий (†1928) и Никон († 1931). Их традиции унаследовал св. Рафаил (Шейченко), служивший впоследствии вблизи Оптиной, в Козельске.

Одним из первых декретов новой советской власти был декрет 1918 г. «Об отделении церкви от государства и школы от церкви». Повсеместно закрываются духовные учебные заведения, прекращается издание церковной периодической литературы, приходские школы передаются в ведение народного комиссариата образования, домовые храмы упраздняются.

Первые годы советской власти принесли раскол в Православную Церковь. Возникло такое движение, как «обновленчество», декларировавшее модернизацию богослужения и церковного управления, а также полностью поддерживавшее советский режим. Власть, в ответ, официально признала обновленческую церковь. Обновленцы захватывали соборы, лучшие приходы, образовывали свою иерархию. Период наибольшего влияния обновленцев пришелся на середину 1920-х гг., когда в их подчинении находилось более половины российского епископата.

В 1920-е гг. монастыри официально закрывались, но фактически, до 1930-х гг., продолжали существовать под видом сельскохозяйственных артелей, хотя и вынуждены были уступать свои храмы и кельи новым хозяевам.

Декрет 1922 г. «Об изъятии церковных ценностей» позволил безнаказанно грабить накопленные веками церковные сокровища. Но не везде эти изъятия проходили гладко. В марте 1922 г. большевики встретили сопротивление верующих в Шуе. Произошедшие в этом ивановском городе события, стали поводом к началу новых гонений.

1920-е и особенно 1930-е гг. – самое тяжелое время для Русской Православной церкви. Арестовывались священники, и вслед за этим закрывались храмы, в которых они служили. Оставшиеся на свободе, вынуждены были часто менять приходы, упразднявшиеся под давлением властей. Бала утрачена последовательность в иерархическом управлении Русской Православной Церкви. После кончины Патриарха Тихона в 1925 г., согласно его завещанию, Патриаршим Местоблюстителем стал митрополит Крутицкий Петр (Полянский). Но с 1926 г. и вплоть до расстрела в 1937 г. митрополит Петр находился в заключениях и ссылках.