В 1783 г. в монастыре упоминается, вместо игумении, начальница Нимфодора Данилевская. Она скончалась 12 января 1784 г.

30 ноября 1788 г. в Москве умер граф Петр Борисович Шереметев. Наследником его огромного имения стал сын граф Николай Петрович. Едва он успел вступить в управление имением, как тотчас получил письмо от владыки преосвященного Феоктиста, в котором владыка спрашивал графа о его намерениях относительно Борисовской пустыни. На это письмо граф ответил, что будет содержать пустынь точно также, как и его покойный родитель.

В 1793 г. начальница пустыни Александра Шарова, по распоряжению духовного начальства, отправилась на покой в Харьковский Вознесенский девичий монастырь, а на ее место была назначена добрая и благочестивая старица Белгородского девичьего монастыря Анфия. В 1801 г. ее перевели в Белгородский Рождественский монастырь, а на ее прежнее место, 19 февраля 1801 г. была определена постриженица Курского Троицкого монастыря Афанасия Котельникова.

Новая начальница еще в Курском монастыре несла клиросное послушание, а в Борисовке сумела замечательно устроить церковное пение. При ней было утверждено общежитие по правилам начальницы Белгородского монастыря монахини Агафоклии[1].

В 1809 г. скончался граф Николай Петрович Шереметев. Его наследником стал малолетний сын Дмитрий. В 1812 г. управляющий его Борисовским имением Максим Куницкий писал преосвященному Феоктисту, что опекуны графа распорядились построить в пустыни каменную ограды и колокольню.

25 ноября 1813 г. скончалась игуменья Афанасия и на ее место была назначена борисовская монахиня Августа. 7 мая 1814 г. в Екатерининской церкви Белгородского Рождественского монастыря, преосвященным Феоктистом она была посвящена в сан игуменьи.

Игуменья старица Августа, как говорят о ней документы, была искусна в чтении и пении, умела шить золотом и писать иконы. При ней было закончено строительство колокольни и каменной ограды вокруг монастыря. Число насельниц увеличивалось, а следовательно, возникла необходимость в построении новой соборной церкви. Мать Августа, по благословению преосвященного Феоктиста, обращалась к опекунам малолетнего графа за помощью в построении каменного храма, но получила отказ. Тогда игумения, по благословению архиерея, стала собирать средства среди благотворителей.

В 1820 г. игумения Августа обратилась к графу Дмитрию Николаевичу, уже вступившему тогда в управление своими имениями, и просила оказать помощь в ее благом начинании. Граф принял ее просьбу, утвердил смету, план и фасад будущего храма.

16 июня 1821 г. епископ Курский и Белгородский Евгений дал благословение на закладку церкви.

4 мая 1822 г. на месте прежнего деревянного Тихвинского храма состоялась торжественная закладка первого каменного храма Борисовской пустыни. При этом присутствовали бывший Курский архипастырь епископ Евгений (незадолго до того переведенный архиепископом в Псков), новый Курский епископ Владимир, архимандрит Белгородского мужского Николаевского монастыря Иоасаф Юнаков и священнослужители Борисовской пустыни и слободы.

В первой четверти XIX в. в Борисовской пустыни было введено новое чиноположение по уставу святых отцов, принятому во многих пустынных обителях. Нововведением монастырь обязан двум девицам-дворянкам Анне и Матроне Яковлевным Толбузиным. Они поступили в обитель в 1815 г. из Севского Троицкого монастыря, где существовал строгий чин и порядок монастырской жизни. В Борисовскую пустынь они перешли по благословению старца Площанской пустыни иеромонаха Василия Кишкина. На следующий год они были пострижены в монашество с наречением имен Акилина и Херувима. В пустыни сестры сразу обрели единомышленниц в лице монахинь– дворянок Евпраксии, Маргариты Симоновой, Аркадии Житковой, Досифеи Веревкиной и Анатолии Еновской, позднее ставшей игуменьей Борисовской пустыни. Игуменья Августа подала прошение владыке Евгению, обратиться за составлением нового чиноположения к строителю Глинской пустыни старцу иеромонаху Филарету. В 1821 г. о. Филарет прибыл в Борисовскую пустынь и завел в ней пустынный устав, несколько облегченный для женских обителей.