Амир Темур, последовавший законами Чингисхана и собственными хотел чтобы трон, который не достался старшему сыну Джахангиру, достался его сыну (и собственному старшему внуку) Мухаммаду Султану. Он на законных основаниях объявляет Мухаммада Султана своим наследным принцем. Так как у Амира Темура, занимавшего в то время престол Самарканда, возникло намерение оставить все государство потомкам своего старшего сына Джахангира Мирзы. Тоесть Темур хотел оставит трон после себя в постоянное наследство своему старшему сыну и его потомкам. После смерти Джахангира, согласно законному обещанию, он передал право наследства своему старшему внуку Мухаммаду Султану.

Интересно отметить, что наследный принц Мухаммад Султан был старше своего дяди Шахруха Мирзы, и этот факт, а также тот факт, что мать наследного принца была из династии Чингисхана, сыграли большую роль в престолонаследии. Как мы упоминали выше, подразумевается, что на приверженность Тимура таким правилам большое влияние оказало влияние «ясокских» законов Чингисхана и суфийских пиров (заранее следует сказать, что после скоропостижной смерти Мухаммада Султана в 1403 г. Согласно своему обещанию, он передает права наследования второму ребенку своего старшего сына (младшего брата наследного принца Мухаммада Султана) – Пирмухаммаду Султану).

Так, в 1393–94 годах Амир Темур чеканил деньги именем Мухаммада Султана, чтобы народ признал Мухаммада Султана законным наследником и чтобы его сыновья то есть дяди Мухаммада Султана не претендовали на престол своего племянника.

В 1399 году Сахибкиран оставил на своем месте своего внука и наследника Мухаммада Султана, и отправился в дальнее путешествие против турецкого султана Йылдырыма Баязида. Наследный принц Мухаммад Султан исполняет обязанности губернатора Самарканда и придает большое значение строительным и благо устроительным работам в городе. Например, он начал строительство хонакох от своего имени и большого медресе напротив него руины которых мы видим на обеих сторонах комплекса.

После завоевания Дамаска весной 1401 года Амир Тимур призвал Мухаммада Султана на запад и хотел назначить его наместником завоеванных западных земель. В конце года, накануне зимы, Мухаммед-султан приехал к своему деду, зимовавшему в Карабахе, и некоторое время принимал участие в походах Тимура.

К сожалению, Мухаммад Султан внезапно заболел во время своего путешествия в Малую Азию и умер 11 шаабана 805 года (12 марта 1403 года). Безвременная кончина 27-летнего наследного принца сильно огорчила Темура.

По приказу Амира Тимура тело Мухаммеда Султана было доставлено в город Оник, близ Арзирума, в сопровождении 200 всадников. Здесь они делятся на две группы. Первая группа положив тело принца в новый гроб отправится на кладбище Хазрат Хайдар в Султании для временного захоронения. Вторая группа остается в городе Оник с пустым гробом. Этот гроб используется на поминках принца в городе Оник. Помимо присутствия самого Темура, в церемонии примут участие мать принца, сайиды и ученые из Султании, Тебриза и Казвина. В конце приносят барабан принца, разрезают на мелкие кусочки и выбрасывают.

Принц был похоронен на кладбище под названием «Кайдар Пайгамбар Мазар» в Султании. Траур был объявлен по всему королевству. Невозможно было ездить на белых конях, все были в синих и черных одеждах (может быть, если бы этот наследный принц не умер преждевременно, история Моварауннахра сложилась бы иначе и империя Тимуридов не распалась бы так быстро?!).

По словам историка Шарафиддина Али Язди, Сахибкирон Амир Тимур вернулся в Самарканд 3-го мухаррама 807 г. хиджры (12 июня 1403 г.), завершив свои победоносные походы, и высадился в Баги Чинор. Оттуда он в первую очередь отправляется осматривать медресе и ханаку, построенные Мухаммадом Султаном, покойного наследного принца (в это время шло строительство ханаки и медресе).