Активность НПО оказывает существенное влияние и на научное сообщество, поскольку многие организации выступают инициаторами и спонсорами научных исследований, результаты которых нередко становятся альтернативой тем выводам и предложениям, которые высказываются правительственными экспертами или учеными, занимающими официальные посты в межправительственных организациях. Тем самым удается исключить или минимизировать монополизацию экспертизы, побудить политические инстанции к расширению когнитивного и информационного базиса принятия решений. Многие авторитетные исследовательские институты (например, Институт мировых ресурсов – Worldwatch Institute и др.) имеют статус неправительственных организаций. Кроме того, ряд НПО благодаря собственным программам научных исследований и экспертных оценок получают возможность аргументировать свою позицию, если она расходится с позицией национальных правительств или международных организаций. Еще большее количество НПО, даже если они не имеют собственных исследовательских программ, выступают в качестве каналов альтернативной информации, мобилизуют общественное мнение, осуществляют представительство интересов групп, ранее не имевших никакой возможности влиять на процесс принятия решений.

Научное знание, которое появляется в результате такого взаимодействия ученых и гражданского общества, отличается не только междисциплинарностью, являющейся следствием комплексного характера исследуемой проблемы, но и трансдисциплинарностью, отражающей социальный контекст ее возможного решения. Коммуникация экологического риска, в которой представители науки по-прежнему играют важнейшую роль, облегчается формированием сетей гражданского общества. Имея в виду участие представителей науки в этом процессе, можно также говорить о возникновении сетей гибридных, или эпистемических, сообществ. Механизм действия таких сообществ был детально рассмотрен П. Хаасом на примере разработки Средиземноморского плана действий, направленного на контроль и снижение уровня загрязнения Средиземного моря. По оценке Хааса, в условиях неопределенности, когнитивного дефицита и трудностей с восприятием научной информации неспециалистами достижение согласия между несколькими авторитетными экспертами играет решающую роль. Достигнутый консенсус получает мощную поддержку представителей общественных организаций, а также части правительственных чиновников (обычно из природоохранных ведомств), ориентированных на взаимодействие с этими экспертами. Тем самым удается достичь существенного перевеса над потенциальными оппонентами. В этих условиях правительства склоняются к передаче регулирующих полномочий по соответствующей проблеме тем ведомствам, где преобладают представители эпистемического сообщества [Haas, 1990, p. 348].

Вместе с тем существуют и более осторожные оценки роли эпистемических сообществ. Так, Ш. Джасанофф указывает, что активность эпистемических сообществ в ряде случаев способствует радикализации политических конфликтов, поскольку в таких конфликтах точка зрения по крайней мере одной из сторон получает дополнительную научную аргументацию [Jasanoff, 1990]. В то же время привнесение научного дискурса в международные переговоры по экологической проблематике меняет их характер, способствуя отходу от аргументации, основанной исключительно на национальном интересе.

Модель широкого взаимодействия с неправительственными организациями и эпистемическими сообществами была характерной для деятельности Комиссии ООН по устойчивому развитию. Она широко использовалась и при организации переговорного процесса по проблематике биоразнообразия, изменений климата, при подготовке и проведении саммита 2002 г. в Йоханнесбурге, а также была воспринята при организации других многосторонних переговоров в рамках ООН (например, Венская конференция 1993 г. по правам человека, Каирская конференция 1994 г. по проблемам народонаселения, Пекинская конференция 1995 г. по проблемам женщин и т.д.). В этом отношении международные организации и форумы, занимающиеся проблемами окружающей среды, сильно отличаются от таких структур, как ВТО, где исключено участие представителей общественности даже в качестве наблюдателей. Напротив, на переговорах по проблемам глобальной экологической повестки постепенно расширяется практика включения представителей НПО в состав официальных правительственных делегаций (например, на переговорах по изменениям климата эту практику инициировала Дания). Принятие в 1997 г. Орхусской конвенции внесло значительный вклад в формирование юридической основы участия НПО в принятии решений по проблемам окружающей среды в странах Европы (Россия до сих пор воздерживается от ратификации Орхусской конвенции).