Сразу после своего назначения Рунич потребовал сведения о положении дел в университете. Что касается учебной работы, то его интересовали студенческие конспекты с записями лекций ведущих профессоров, а также из каких источников преподаватели черпают информацию, используемую в лекциях.

Цель Рунича состояла в том, чтобы повторить опыт М. Л. Магницкого, который накануне завершил «разгром» Казанского университета. Русский историк Н. К. Шильдер, являющийся автором ряда фундаментальных биографических работ об императорах Павле I, Александре I и Николае I, давал оценку деятельности Рунича и Магницкого. Считая Рунича «сподвижником и подражателем» Магницкого, он отмечал и определенную разницу в их университетских «реформах»: если Магницкий превратил Казанский университет в подобие «монашеского средневекового ордена», то Рунич на базе Петербургского университета хотел создать первый в России «христианский университет» [Шильдер, 1903, с. 62].

Вновь назначенному исполнять должность попечителя учебного округа Руничу для дальнейшего карьерного роста требовался показательный процесс против ряда преподавателей Санкт-Петербургского университета.

По его мнению, содержание студенческих конспектов показало, что всеобщая история и статистика Российского государства преподаются неправильно, так как основываются на иезуитских (революционных), а не православных ценностях. Не желая принимать участие в подобных разбирательствах, М. А. Балугьянский 31 октября 1821 г. подал в отставку с должности ректора, но за ним была сохранена должность профессора университета [Широкорад, 2004, с. 10].

Рунич решил начать «охоту на ведьм» с показательного суда над четырьмя профессорами университета: профессором по истории философии А. И. Галичем, профессором по всеобщей истории Э. Б. С. Раупахом, профессором К. Ф. Германом и адъюнктом К. И. Арсеньевым. Расследование дела проходило в несколько этапов.

Первым этапом этих разбирательств явилась конференция университета, собиравшаяся три раза (3, 4 и 7 ноября 1821 г.). Во время рассмотрения дела на общем собрании университета Рунич взял на себя роль не только председателя, но и обвинителя, то есть был в одном лице и прокурором и судьей. Д. А. Кавелин – директор университета, который по уставу, в отличие от ректора избираемого преподавателями, назначался правительством, будучи помощником попечителя университета, и занимался всеми внутренними делами университета, кроме научных и учебных дел, – вторил Руничу, всячески склоняя профессорско-преподавательский состав стать на сторону обвинения. «Руничу и в личных его видах, и в интересах всей партии желательно было, чтобы сами члены университета признали зловредными чтения обвиненных товарищей своих. Кавелин знал, кого из старых и молодых профессоров по малодушию их и нетвердости в правилах чести мог он настращать и привлечь к содействию таким видам» [Григорьев, 1870, с. 36].

Несмотря на то что на университетской конференции раздавались голоса в защиту профессоров, из двадцати присутствующих семеро участников, по словам профессора М. Г. Плисова, «…забывши долг, поправши честь, презревши стыд и усыпя совесть» (цит. по: [Григорьев, 1870, с. 36]), поддержали обвинение. Остальные участники, в числе которых были М. А. Балугьянский, М. Г. Плисов, Ф. Ф. Шармуа, П. Д. Лодий и др., допускали «виновность их только в том случае, если будет положительно доказано, что выписки из лекций, к уличению их представленные, справедливы, или вовсе отказывались от подачи мнения…» [Григорьев, 1870, с. 36–37].

На следующем этапе в Главном правлении училищ было признано, что учения Германа, Арсеньева и Раупаха являются вредными и возмутительными против христианства и опасным для государственного благосостояния. Было принято решение удалить из университета Германа и Раупаха, запретив им преподавание в учебных заведениях Министерства просвещения. Галича по причине добровольного осознания им своей вины постановили оставить при университете, запретив ему заниматься преподавательской деятельностью.