С 1813 по 1817 г. М. А. Балугьянский преподавал великим князьям Николаю и Михаилу Павловичам (родным братьям царствовавшего в то время Александра I) естественное, публичное и народное право. Кроме этих дисциплин, в течение недолгого времени он читал им также политическую экономию. В дальнейшем его сменил в преподавании данной дисциплины А. К. Шторх. Эти занятия приблизили М. А. Балугьянского к царской семье. Знакомство с первыми лицами государства сыграло решающую роль в его судьбе.

Ректор Санкт-Петербургского университета. В марте 1819 г., вскоре после открытия Санкт-Петербургского университета, Балугьянский был избран деканом философско-юридического факультета, где он читал курс под названием «Энциклопедия юридических и политических наук» и политическую экономию.

В октябре этого же года состоялась конференция по избранию ректора вновь образованного университета. Голоса выборщиков на этой конференции разделились поровну между профессорами М. А. Балугьянским и Э. Б. С. Раупахом (1784–1852), который в Санкт-Петербургском университете преподавал курс всеобщей истории. В результате по жребию пост ректора достался Раупаху. Однако Комитет министров не признал выборы по жребию и рекомендовал провести новое голосование, по итогам которого победил М. А. Балугьянский.

На основании этого решения 27 октября 1819 г. он был утвержден императором Александром I в должности ректора Санкт-Петербургского университета. Кроме того, Балугьянскому была предоставлена должность заведующего кафедрой энциклопедии юридических и политических наук и политической экономии. По сути, эта была одна из первых кафедр политической экономии в России. В университете был собран, пожалуй, лучший в стране на тот период времени педагогический состав. В лекциях преподавателей ярко проявлялись просветительские идеи, характерные для той эпохи, и смелость научных воззрений.

Главной заслугой М. А. Балугьянского на посту ректора является разработка проекта устава Санкт-Петербургского университета, который предусматривал неограниченную правительством автономию вуза, а также возможность получения высшего образования для всех сословий русского общества. Петербургский университет должен был, по мнению автора проекта, стать в научных исследованиях головным учебным заведением страны, способствуя созданию научных обществ по всей стране, и обеспечить написание и издание учебной и научной литературы. По своей направленности проект М. А. Балугьянского отражал современные для того времени тенденции в области просвещения и высшего образования. Проект устава отвергли, был реализован «типовой» устав российских университетов, а впоследствии принят реакционный устав в редакции 1835 г., тем не менее многие мысли и идеи Балугьянского, заложенные в его проекте, длительное время оказывали влияние на развитие университетского образования в России.

Неприятности на посту ректора у М. А. Балугьянского начались после назначения 19 июля 1821 г. исполняющим обязанности попечителя Санкт-Петербургского учебного округа Д. П. Рунича. Стоит сказать, что этот период в России сильно отличался от времени приезда М. А. Балугьянского в нашу страну. В начале XIX в. Россия, казалось, стояла на пороге грандиозных социально-экономических и политических реформ. Предполагалась даже возможность отмены крепостного права и принятие конституции, однако этим ожиданиям не суждено было сбыться. К 1820-м гг. Александр I окончательно оставил идеи реформирования страны и стал ревностным верующим. На этом фоне стал расцветать клерикализм, проникая во все сферы общественной жизни, в том числе и в образование. В силу этого резко возросло влияние клерикалов, таких как, например, А. Н. Голицын, бывший в то время главой Министерства духовных дел и народного просвещения. Именно при нем начались гонения на учебные заведения, в которых были хоть какие-то ростки инакомыслия. К числу наиболее активных помощников Голицына принадлежали такие политические и общественные деятели, как М. Л. Магницкий и Д. П. Рунич.