Филипп назначил двух специальных послов, чтобы урегулировать кризис и не доводить ситуацию до полномасштабной войны. Один отправился в Англию, другой во Францию. Их миссии оказались практически безрезультатными, и в Париже кардинал Лотарингский решил рискнуть. Он предложил, чтобы Франция и Испания объединились и подчинили себе Шотландию, но только в качестве прелюдии к завоеванию Англии. В результате Англия станет наследством для будущего сына Филиппа II и Елизаветы Валуа, который, в свою очередь, женится на дочери Франциска II и Марии. Чтобы план осуществился, Мария должна отказаться от своих претензий на английский престол. Это был невероятный полет фантазии, отражавший не только иллюзии Гизов, но и то, до какой степени они были готовы пожертвовать Марией, чтобы самим выбраться из затруднительного положения.

С Марией Шарль де Гиз не советовался. Мать, которую обожала юная королева, умирала, а ее саму игнорировали. В конце апреля в Амбуазе Мария устроила кардиналу сцену, упрекала его и «горько плакала». Она жаловалась, что дяди «погубили ее» и «лишили короны». Отвечая ей, кардинал поклялся, что отомстит Елизавете за союз с мятежниками, но его обещания ничего не стоили. Мария снова расплакалась, а затем слегла.

В последнем взволнованном письме к матери Мария посылала ей свою любовь, сочувствие и надежду, «что господь поможет Вам во всех Ваших трудностях». Передавала матери в письме, что Екатерина Медичи «пролила много слез, услышав о Ваших несчастьях». Что же касается кризиса в Шотландии, то она обещала настоять, чтобы ее муж «отправил Вам достаточную помощь», которую «он обещал мне, и я не позволю ему забыть о его обещании».

Мария потребовала свежих подкреплений для Шотландии, но прежде чем войско успело отплыть, Филипп II объединился с Екатериной Медичи, чтобы раз и навсегда ограничить власть Гизов. 6 июля после переговоров, продолжавшихся целый месяц, был подписан Эдинбургский договор. Задумывавшийся как дополнение Като-Камбрезийского договора, он получился совсем другим. Формально заключенный между Англией, Шотландией и Францией, в действительности он урегулировал отношения Англии, лордов конгрегации и Гизов, при посредничестве специального посла Филиппа.

Условия договора означали полную поддержку Англии и мятежных лордов, и предательство Марии и ее матери. Франция признала Елизавету законной королевой Англии, полностью разрушив политику де Гизов. Претензии Франциска и Марии на английский престол должны быть отозваны. Французские войска немедленно покидают Шотландию, а их крепости и гарнизоны надлежит сровнять с землей. В отсутствие правящей королевы, Марии, официальным правительством Шотландии станет совет, состоящий из аристократов, что делало его орудием честолюбивых стремлений лорда Джеймса. Более того, Франциск и Мария должны были согласиться, что Елизавета всегда играла роль беспристрастного посредника, незаинтересованного наблюдателя, который всего лишь помог создать подходящие условия для заключения договора, а не прямого участника военных действий, который заключил союз с мятежниками, чтобы продвигать интересы Англии в Шотландии. Это была пощечина Марии, полученная от своих.

Но и это еще не все. Последняя статья договора включала положения, которые можно было назвать положениями об исполнении. Несмотря на унизительные условия договора, Франциск и Мария должны были пообещать ратифицировать и исполнять все его пункты, а при нарушении договора Англия могла вновь вторгнуться в Шотландию, если посчитает это необходимым для поддержания протестантской веры и избавления Британских островов от католицизма и французского влияния.