до приезда С.Е. Зверева местными мужиками были найдены два бронзовых топора и долото. С.Е. Зверев тщательнейшим образом исследовал «Рубленые могилы» и курганы Скакуновские. Находки вместе с подробным отчетом он отослал в ИАК, за что был удостоен искренней благодарности «за добросовестное исполнение возложенного поручения». Впоследствии «Открытые листы» он стал получать регулярно.

По итогам археологических изысканий С.Е. Зверев впервые удостоился высокой чести: принять участие в IX Археологическом съезде, состоявшемся в г. Вильно с 1 по 15 августа 1893 г. Заслуги его оценили, и вскоре, 10 ноября 1893 года Императорское Московское археологическое общество единогласно избрало С.Е. Зверева своим членом-корреспондентом «в знак уважения его научных занятий».

Вдохновленный и воодушевленный, С.Е. Зверев находит клады монет, которые «указывают на торговые сношения древних обитателей Дона с Македонией, Римом, Босфором, Византией и даже отдаленным Самаркандом…» Ему посчастливилось найти бронзовых истуканов близ с. Усть-Мечетки и «буддийского кумира» близ с. Гвазда неподалеку от Бутурлиновки Воронежской губернии, что говорит о «несомненном существовании древних религий и христианства на Дону в X-XII вв.». В дальнейшем он исследует курганы на Лысой горе, могильник у Маяцкого городища, «камень Буил» под Павловском – знаменитое капище язычников, куда приводили на заклание диких быков – туров, буйволов (отсюда и название: Хохляцкая и Русская Буйловки).

В 1911 году вместе с другими членами ВУАК Зверев исследует местность при впадении реки Воронеж в Дон, известную в народе как «Чермный» или «Червленый Яр». Были найдены орудия каменного века, наконечники стрел, остатки плавок древних металлургов, а в Жировском лесу крест-энколпион со старинными славянскими надписями. Об итогах работы в Червленом Яре С.Е. Зверев написал брошюру «Археологические экскурсии на Червленый Яр в 1911 году».

Опираясь на многочисленные источники, он считал, что город Воронеж возник в домонгольский период, то есть в X-XIII веке. Откуда такая уверенность? Стефан Егорович, проанализировав массу археологических раскопок, а также имеющиеся у него летописи, а конкретно родословную великих князей рязанских, пронских и др., берущую свое начало со времен Рюрика, а возможно, и ранее, считал, что город Воронеж, как южная окраина Рязанского княжества, был основан в XII веке. В качестве неоспоримого доказательства он указывал на древние летописи, и в частности, «Сказания родословия», в которых описаны деяния великих рязанских князей.

Оппонентом С.Е. Зверева выступил воронежский историк С.Введенский, который, напротив, считал взгляды С.Е. Зверева на древнюю историю города Воронежа безосновательными, лишенными подкрепления фактическим материалом и пр. Полемика длилась в течение нескольких лет и отняла у С.Е. Зверева много сил. Не утихает она и в наше время.

В качестве дополнительного исторического материала, подтверждающего вышесказанное, можно сослаться на авторитетное высказывание историка Иоганна Иакова Грассера, осветившего образ славного рыцаря Октавиана Пронского – своего господина: «А самым действительным стимулом для таких героических дел было благоговение перед памятью твоих предков. Ведь каков, Господи, был отец прадеда твоего Рюрик, могущественнейший князь всея Руси, оставивший двенадцати своим сыновьям семь величайших княжеств, а именно: Киевское, Владимирское, Галичское, Черниговское, Переяславское, Рязанское и Пронское. Прадед твой, владевший Рязанским и славнейшим Пронским княжеством, оставил потомкам светлейшее имя Пронский» (1550 год. Михалон Литвин «О нравах татар, литовцев и москвитян». – Изд-во МГУ, 1994. – С. 58).