Неолитические племена 5 тыс. до н.э. (меримдская и эль-омарская культуры в Дельте, фаюмская и тасийская в Верхнем Египте) ещё не знают меди и продолжают пользоваться каменными орудиями. Они разводят мелкий (иногда даже крупный) рогатый скот и занимаются примитивным земледелием, предпринимая первые попытки орошения почвы; тем не менее, главным источником их существования продолжают оставаться охота и рыболовство.

В конце 5 – начале 4 тыс. до н.э. долина Нила вступает в эпоху энеолита (медного века). Предметы из меди (бусы, проколки) обнаруживается уже у бадарийцев, обитавших в Верхнем Египте в конце 5 тыс. до н. э. Бадарийцы достигают больших успехов в скотоводстве, перейдя к разведению крупного рогатого скота. Возрастает роль земледелия, появляются небольшие оросительные каналы. Однако охота и рыболовство сохраняют свою важность.

Первый додинастический период (первая половина 4 тыс. до н.э.). В начале 4 тыс. до н.э. оседлый земледельческий образ жизни становится господствующим у племен нильской долины (амратская и негадская культуры). Происходит значительный рост населения – число и размеры поселений увеличиваются, они обносятся стенами. Расширяется сфера использования меди (не только для украшений, но и для орудий труда); появляются предметы из золота. Социальная дифференциация пока ещё лишь намечается.

Второй додинастический (герзейский) период (35‒33 вв. до н.э.). В середине 4 тыс. до н. э. Египет вступает в период развитого медного века. Эта эпоха называется также герзейской (от деревни Герзе, возле которой было раскопано энеолитическое поселение). Герзейцы окончательно переходят к оседлости; ведущую роль в их жизни играют скотоводство и земледелие, прогресс которых приводит к возникновению имущественного неравенства; основным богатством считается скот. Земледельческая община из родовой трансформируется в соседскую; в ней происходит социальная дифференциация. Выделяется слой «знатных», формирующийся из военной верхушки (защитники племени – вождь, самые сильные воины), имущественной элиты (наиболее состоятельные и предприимчивые общинники), служителей культа. Этот слой доминирует над основной массой земледельцев и скотоводов. Захваченные в результате постоянных военный столкновений пленные образуют пока ещё небольшую категорию рабов.

Насущная нужда в поддержании и расширении локальных ирригационных систем способствовала объединению общин в более крупные образования. Независимо от того, каким путем оно происходило (насильственным или мирным), одна из общин неизбежно занимала господствующие позиции по отношению к остальным; именно её поселение превращалось в административный, военный и религиозный центр объединения, а её элита узурпировала ведущие политические, военные и жреческие функции. Постепенно процесс объединения привел к появлению к концу 34 в. до н.э. крупных территориальных образований – номов, которые оказались первыми протогосударствами Древнего Египта. В 33 в. до н.э. усилившаяся потребность в создании общеегипетской ирригационной системы обусловила тенденцию к политическому объединению всей Нильской долины. Результатом борьбы номов за политическое преобладание стало возникновение двух государств – нижнеегипетского со столицей в Буто и верхнеегипетского со столицей в Нехене (Иераконполь). Ведущим культом в Нижнем Египте стал культ Сета, а в Верхнем Египте – культ Гора.

Раннее царство (32‒29 вв. до н.э.): «Нулевая», I и II династии. Нижнеегипетское и верхнеегипетское царство вели постоянные войны за контроль над пограничными территориями. Военная конфронтация завершилась разгромом Нижнего Египта верхнеегипетским царем Нармером ок. 3200 до н.э. и созданием единой Египетской державы. Нармер объединил красную корону Нижнего и белую корону Верхнего Египта. Династия Нармера («Нулевая») стала первой правящей общеегипетской династией. Её сменила I династия, происходившая из верхнеегипетского города Тин (близ Абидоса). Её родоначальник Мина (Гор-Боец) в целях сплочения государства основал на границе Нижнего и Верхнего Египта новую столицу – Мемфис. Правление I династии стало периодом относительной внутригосударственной стабильности, что позволило одному из её представителей Джеру осуществить ряд успешных походов за пределы Египта. Постепенно был установлен контроль над Синайским полуостровом. Однако в правление II династии усилилось сепаратистское движение в Нижнем Египте. Стремясь подавить его, цари прибегали как к репрессиям (кровавое подавление восстания в Дельте царем Хасехемуи), так и к политике примирения (некоторые цари демонстративно принимают имя Сета или одновременно Сета и Гора). По-видимому, к концу правления II династии Нижний Египет был окончательно покорен.