У хором, как следовало в деревянных постройках, был тоже и свой подклетный ярус, третий во всем здании, где находились разные служебные и деловые комнаты и где жили некоторые из ближних людей к особе царя. При царе Михаиле, в малолетство царя Алексея, здесь помещалась и Потешная палата, занимавшая особую комнату под Теремными покоями. Под четвертою комнатою была устроена государева мыленка, в которую государь хаживал по потайной лестнице, сохранившейся доныне. Небольшая палатка, где помещалась мыленка, вся была выложена и опаяна свинцовыми досками для того, чтобы вода не могла пройти сквозь своды в нижний этаж.

Над тем же подклетным этажом к Рождественскому собору на уровне Теремных покоев находилась площадь длиною около 10 саж., шириною 8 саж., на которой стояли хоромы придворных богомольцев, столько любимых царем Алексеем Михайловичем.

Лицевая сторона Теремных покоев была обращена во двор к собору Спаса Преображения или к набережной стороне дворцовых зданий, к югу.

С внутренней, северной стороны Теремного дворца к нему, именно к государевым покоям и к церкви Спаса за Золотою решеткою, примыкали каменные и деревянные хоромы цариц и царевен, т. е. всей женской половины царского семейства с их домовыми церквами. Они занимали пространство с лишком на 50 саж. в длину к северу и на 40 саж. в ширину, от запада к востоку, где с восточной стороны их линия примыкала к Патриаршему двору. С Теремным дворцом они соединялись многими открытыми площадками и переходами и крытыми сенями, расположенными на уровне площадей и переходов, какие существовали у Теремного дворца, а потому и самые этажи этих хором высились соответственно этажам Терема. Возле Терема в уровень с его комнатами на расстоянии от него 10 саж. в конце XVII столетия находились хоромы царицы Наталии Кирилловны с малолетним сыном Петром Алексеевичем, деревянные, построенные на каменных стенах и столбах, среди которых помещались их разные служебные палаты. В прежнее время здесь помещались хоромы государевы и прежних цариц. Эти хоромы и при них церковь находились прямо против Теремов по направлению к северу и занимали площадь в длину к северу почти на 20 саж., в ширину с лишком на 13 саж. Нижний ярус хором состоял, как упомянуто, из стен и столбов с находившимися среди них служебными помещениями и из площадок на уровне каменного Теремного дворца, перед церковью Спаса за Золотою решеткою. В этом ярусе на северо-западном углу стояла церковь Петра и Павла, каменная, занимавшая место в длину и с трапезою с лишком 9 саж. и в ширину около 4 саж. Она высилась над всеми другими зданиями внутреннего двора на уровне с Теремом государя. Церковь была пятиглавая, главы и резные железные кресты были вызолочены, кровля была из кованого железа. В церкви было 17 и в трапезе 6 окон с железными решетками, вышиною 2^>3/_>4 арш., шириною 1^>1/_>2 арш. Полы были дубовые косящатые. Возле церкви находилась палатка с сенями, из которых кверху вела комнатная круглая лестница. В церковной трапезе, по всему вероятию, были хоры-полати, примыкавшие одною стороною к деревянным хоромам царицы. Около церкви были переходы. Против алтаря была расположена площадка длиною в 8^>1/_>2 саж., шириною в одном конце 6 саж., в другом – 11 арш., на которой был разведен сад, огороженный балясами, с небольшим прудом. Возле находилась еще площадка, Потешная царевича Петра. Под хоромами царицы в нижнем этаже находилась Мастерская палата царицы и три палаты, в которых жили государевы богомольцы, длиною каждая в 6 саж. и шириною в 2 саж., и в каждой было по 2 окна. Размер этих трех палат явно показывает богаделенное их устройство.