Хотя директор факультетской терапевтической клиники сократил свои преподавательские функции до непристойного минимума, 15 мая 1883 года его произвели «за отличие» в чин тайного советника. Отныне к Захарьину надлежало обращаться не иначе, как «Ваше Высокопревосходительство». Намного точнее было бы объявить его коммерции советником от медицины, но такого ранга в Российской империи не было.

В начале 1885 года исполнилось 25 лет беспорочной плодотворной службы Захарьина на поприще высшего медицинского образования. По такому случаю министр народного просвещения своим приказом от 1 февраля 1885 года утвердил тайного советника Захарьина в звании заслуженного ординарного профессора.157 С той поры вся преподавательская деятельность Захарьина свелась к эпизодическому чтению лекций – по расписанию, трижды в неделю, с 10 до 12 часов утра, фактически же значительно реже, поскольку именитый профессор то чувствовал недомогание, то выезжал в Петербург для консультации какого-либо сановника, то не появлялся в аудитории по неизвестной причине.

Основную преподавательскую нагрузку на кафедре Захарьин возложил на своего сверхштатного экстраординарного профессора, читавшего курс факультетской терапевтической клиники и руководившего «практическими упражнениями» студентов в распознавании и лечении внутренних болезней.158 Наряду с этим Павлинов «служил факультету исполнением обязанностей штатного профессора», иными словами, постоянно участвовал в экзаменах и в различных комиссиях, а также выступал как официальный оппонент на докторских диспутах.

Времени не только на частную практику, но даже на адекватный отдых у него почти не оставалось. Тем не менее с 1888 года Павлинов приступил ещё и к чтению полного систематического курса частной патологии и терапии. В 1890 году он, словно опровергая презрительный отзыв о нем профессора Марковникова, выпустил в свет добротный оригинальный учебник «Частная патология и терапия внутренних болезней», в предисловии к которому разъяснил мотивы его создания: «Кроме преподавания факультетской терапевтической клиники я несколько лет назад по просьбе господ студентов начал чтение систематического курса внутренних болезней. <…> Помимо целей, которым служит такой учебник (конечно, никакой учебник не заменит клиники), публикацией его я удовлетворяю потребности высказать свои личные взгляды по некоторым вопросам внутренней медицины». Как писали в петиции «О включении Павлинова в число штатных профессоров» (28.III.1894) 25 его коллег (в частности, Черинов, Остроумов и Сеченов), преподавание он вёл «с выдающимся успехом», а его учебник представлял собою «капитальный труд и первое самостоятельное русское руководство по своему предмету».159 Однако Захарьин этого ходатайства не поддержал, и поэтому попечитель Московского учебного округа оставил «означенное заявление» без удовлетворения.

Осенью 1890 года часть клиник Московского университета переселилась в только что возведённые здания на Девичьем поле, при строительстве которых было похищено, по сведениям профессора Марковникова, до полумиллиона рублей.160 Открытая в новом помещении факультетская терапевтическая клиника на 67 кроватей (вместо прежних 30), начала функционировать под руководством Захарьина с 19 октября 1890 года. для Павлинова, прекратившего чтение систематического курса частной патологии и терапии, там места не нашлось. С разрешения попечителя Московского учебного округа он перебрался из Окружной больницы Московского Воспитательного Дома в Новоекатерининскую больницу, где получил отделение на 22 кровати. В соответствии с учебной программой Павлинов и Захарьин читали свои лекции по предмету факультетской терапевтической клиники в одни и те же дни недели и даже в одни и те же утренние часы вплоть до 1896 года.