Многочисленные комнаты этого здания имели следующее служебное назначение. Весь верх, за исключением нескольких комнат (умывальника, кладовой, квартиры пом[ощника] инспектора и верхней части церкви) отведён был под спальни. В него вели три лестницы: центральная, которая обычно была закрыта для пользования, и две боковых, из которых постоянно открыта была лишь западная.

В центре среднего этажа находилась церковь110, двухсветная, в которую вела снизу мраморная лестница, сильно потёртая, уже с небольшими ямками. В церкви, благодаря рачительным ктиторам (старостам) её было довольно богатое убранство: серебряный с литыми изображениями святых престол, такие же царские врата и по обе стороны их в нижнем ряду иконостаса иконы. Считалось за честь для каждого старосты оставить по себе память каким-либо пожертвованием на украшение храма. Благодаря попечению старост пол в церкви был покрыт коврами из крашеных верёвок, чтобы не было жёстко становиться на колени.

Значительное место в этом же этаже занимали актовый зал и фундаментальная библиотека. Самым замечательным в зале был художественно расписанный потолок, с изображением 4-х евангелистов, и текстом из евангелия Иоанна Богослова, помещённым в овальном круге по всему потолку. Несомненно, это была чья-то заслуживающая внимание художественная работа, но она никем не ценилась и так, вероятно, и погибла в будущем. Зал большую часть времени пустовал, в нём было даже мало и мебели. Раз в году в нём устраивались торжественные собрания в день престольного праздника, посвящённого Иоанну Богослову. Так, в 1902 г. в зале было торжественное собрание в присутствии высокопоставленных лиц города, на котором с речью выступал преподаватель философии А. Н. Юрьев, а семинарский хор исполнил концерт Бортнянского «Воспойте Господеви песнь нову». В последующие годы, во время революции 1905 г. и в период реакции, а также и в период империалистической войны, такие торжественные собрания были прекращены. В зале два-три раза в году устраивались вечера, проводились иногда уроки танцев, что, конечно, совершенно не гармонировало с тем, что было изображено на его потолке. Да разве ещё кто-либо из зубрильщиков в часы вечерних занятий уединялся сюда для заучивания очередного урока.

Фундаментальная библиотека занимала большую комнату, совершенно для нас недоступную. Нам говорили, что она предназначалась для учителей. Очень редко мы видели у ней открытую дверь и с интересом заглядывали туда, но входить туда нам было запрещено. Не помню, по какому поводу, но нам показывали принесённый из неё пергаментный свиток Библии на древнееврейском языке (тора), который как драгоценность, хранился в библиотеке и был даром архимандрита Антонина Капустина, бывшего ученика семинарии. Раза два за время обучения в семинарии из этой библиотеки на урок приносил нам В. А. Фаминский какие-то старинные издания произведений древней русской литературы. Этим и ограничивалось наше знакомство с библиотекой. Было это нам обидно, но всё зависело не от нас. В восточном крыле главного корпуса, в конце его помещался ещё небольшой кабинет физики, с которым редко-редко знакомил нас В. А. Кандауров, вероятно, потому, что кабинет этот был очень беден. В западном крыле, тоже в конце его, помещалась ученическая библиотека, о которой подробнее речь будет ниже.111 Остальное пространство второго этажа занимали восемь учебных комнат (классов) и коридоры – вдоль здания и по крылам. Эти восемь классов распределялись так: два I-х кл[асса], два II-х кл[асса]и по одному III, IV и V классов. Такое распределение классов свидетельствовало, если можно так выразиться, о суровой борьбе за обучение в семинарии, а именно то, что отсев учащихся за первые два года обучения делал уже излишним параллельные классы, начиная с третьего класса. Если пользоваться традиционным делением классов в семинарии на три категории: риторики, философии и богословия, то, очевидно, классы риторики и были периодом наиболее острого отбора для классов философии и богословия. Какие мотивы были наиболее уважительными для «исключения», как тогда это называлось, из семинарии? Главным мотивом, так сказать, лейтмотивом были академические требования, суровые требования: три неудовлетворительные оценки на экзаменах иногда считались достаточными для «исключения» из семинарии. Были среди исключённых и жертвы темперамента: попавшиеся по пьянке, замеченные в грубом отношении к вышестоящим лицам и вообще неблагонадёжные, которых с момента революции 1905 г. администрация семинарии находила всё больше и больше.