Тогда, французский философ, математик и христианский-апологет XVII века Рене Декарт выдвигает предположение, что наука, как единственный способ познания объективной действительности, должна иметь свою строгую методологию, в основе которой «разум». Он отмечал, что интеллект дан человеку для некой проверки своих ощущений окружающей реальности, чтобы он изучал всё сам и приходил к своим собственным решениям. В противном случае можно легко потеряться в мире, где факты существуют «бок о бок» с альтернативными, противоположными фактами, где всё перемешано в «многослойный пирог». Каждый человек должен сам сложить для себя мир вокруг, непременно следуя путём рационального мышления. Поэтому Декарт вывел доказательство своего собственного существования: «Я мыслю, а значит – существую». На центральное место в научном методе он поставил «сомнение»: «Мы не можем сомневаться в том, что сомневаясь, мы существуем». То есть, наша способность воспринимать сомнения в собственном существовании – это и есть доказательство того, что мы существуем».

Так, на пороге эпохи Возрождения, в Европе рождается новая прогрессивная мысль, новая исследовательская методология. Учёные экспериментировали и делали математические расчёты для подтверждения или опровержения научных гипотез о законах Вселенной. Это была настоящая революция в астрономии, математике, физике, медицине, где учёные были настоящими реформаторами человеческого сознания, благополучно подхватив опыт исламских мыслителей, которые уже с VIII века успешно экспериментировали с различными формами и способами познания, будучи в авангарде мировой прогрессивной мысли, в свою очередь, сменив собою эллинов. Эта арабо-мусульманская традиция продолжалась на протяжении пяти веков, о чём мы уже писали в первой части, коротко напомню лишь о том, о чём так не любили и не любят говорить большинство ранних и современных Западных исследователей – исламская культура раннего Средневековья вывела на качественно новый уровень практически все области науки, известные в то время и щедро делилась своим знанием со всеми. Мы – мусульмане, могли бы гордиться ими, вдохновляя наших детей примерами этих великих интеллектуалов, если бы сами не потушили их имена. Учёные халифата были заочными учителями большинства мыслителей латинской Европы, которые на основе обретённого опыта исламской научной традиции, преображали сознание людей своими чрезвычайно яркими, непостижимыми до той поры открытиями.

Новое мышление, новое вопрошание, новая постановка когнитивных задач – всё это играло чрезвычайно важную роль в познании Вселенной. Декарт развил дедуктивный метод, как наиболее конструктивный способ осмысления структуры мироздания.

И, наконец, ещё одна из наиболее значительных личностей в рядах прогрессивной науки конца XVII начала XVIII века, английский математик и астроном Исаак Ньютон (ум. 1727 году). Необыкновенно одарённый, разносторонний человек, энциклопедист, создатель новой методологии, автор фундаментального произведения «Математические начала натуральной философии», открывший закон всемирного тяготения, три закона механики и алгоритмы движения космических объектов. Довольно продолжительное время он практиковался в алхимии, в поисках «философского камня» – некой мистической субстанции, которая превращает в золото любые металлы и открывает тайны природы «вечности». В те времена много умнейших людей верили в алхимию, но особенность науки заключается в том, что она не только открывает действующие алгоритмы взаимодействия элементов, но и показывает то, чего точно быть не может. Ньютон собрал все наработки своих предшественников в области физических законов Вселенной. Он измерил массу, силу, инерцию, скорость, ускорение и вывел закон гравитации.