В ответ на спровоцированные Турцией набеги адыгов Александр I специальным рескриптом 17 апреля 1800 г. разрешил черноморскому казачеству совершать карательные экспедиции за Кубань для наказания адыгского населения. В ходе русско-турецкой войны 1806–1812 гг. Анапа и Суджук-Кале были возвращены Турции. В то же время, русское влияние среди народов Закубанья продолжало укрепляться путем торговли, основная масса адыгов занимает прорусскую позицию, хотя со стороны части феодальной верхушки, боявшейся потерять власть с утверждением русской администрации, распространялись идеи переселения, и отдельные кабардинские князья и дворяне во 2-й половине XVIII и 1-й половине XIX вв. переселяются в Закубанье и Турцию.

В 1803 г. началось строительство на месте карачаевского поселения Ачысуу (Кислая вода) Кисловодского укрепления и казачьих станиц в Пятигорье, по времени совпавшее с очередными выборами в родовые суды и расправы и вызвавшее новое восстание в Кабарде. Основное требование сводилось к уничтожению Кисловодской крепости и ликвидации кордонной линии. В 1804 г. в Кабарду для утверждения российской власти и подавления противодействия была направлена военная экспедиция. Во время восстания 1809–1810 гг. кабардинские феодалы попытались переселить подвластное им население в горы. Отказ крестьянства был использован царской администрацией для раскола движения, и направленные в апреле 1810 г. в верховья рек Баксана, Шалушки, Чегема, Нальчика карательные экспедиции решительно подавили сопротивление. В 1811 г. кабардинцы и ряд закубанских обществ и союзов приняли русское подданство. В 1826 г. Карачай во главе с верховным князем подписывает договор о взаимной помощи в случае нападения третьих сил. Однако олий Карачая продолжает посылать аманатов турецкой стороне, что вынудило русское правительство отправить в Карачай в 1828 г. войска под командованием ген. Эммануэля и ген. Суворова (не А. В. Суворова, 1730–1800 гг). Вооруженное столкновение, длившееся между Карачаем и Россией в течение 1826–1828 гг, закончилось присоединением Карачая к России.

После 1813 г. Северный Кавказ все больше становится сферой внутренней политики России, оставаясь к тому же и ареной острых международных противоречий. Учитывая невозможность отправить туда крупные военные подкрепления, расстройство финансов и недостаток военных линий, Александр I назначил в 1813 г главнокомандующим на Кавказе генерала А. П. Ермолова Расширилось строительство военных укреплений вблизи аулов, на плодородных равнинах, в важнейших топографических пунктах, особенно с 1816 г. В 1817 г. было предписано выделять земли казакам правого фланга Кавказской линии.

В 1819 г. против адыгов на Северо-Западном Кавказе действовало 40-тысячное Черноморское (Кубанское) казачье войско. В 1820 г. оно было подчинено Ермолову, а вся территория от Азовского моря до земли Войска Донского включалась в Кавказскую губернию. С 1833 г. вся служба по военной линии на Кубани засчитывалась офицерам войска за действительную военную службу. В 1821 г. на земли Черноморского войска началось переселение крестьян Черниговской и Полтавской губерний, активизировался переход к непосредственному подчинению горских обществ и правителей края российской военно-административной власти, перенос военной линии с Терека до подножия Кавказского хребта. Для подавления сопротивления (наиболее крупные вспышки недовольства произошли в 1822 и 1825 гг., особенно под влиянием духовенства) в Кабарду был введен “летучий отряд” с артиллерией, начато строительство укреплений от Владикавказа к верховьям Кубани и перемещение военной линии на юг от Терека к подножию так называемых Черных гор, в 1822 г. крестьянам объявлялась свобода от непокорных русской администрации князей, которые между тем продолжали нападения на Кавказскую линию.