7 июня пленум горкома избрал Зимина новым первым секретарем. Следом его надо было избрать новым главой обкома, для чего 7 июня открылась областная партийная конференция. С отчетным докладом выступил еще действующий первый секретарь Вайнов, он много говорил о вредителях. Выступал и И. Нефедов, покрыв себя самокритикой, но в целом не было ничего нового, участники этой контрреволюционной группы намеревались замять дела против них. У них это могло получиться, но 10 июня Лазарь Каганович переломил ситуацию.21 До сих пор стенограмма его выступления не опубликована, но судя по всему, он вел уничтожительную критику руководства обкома, подав правильный пример другим. Местные партийные деятели поняв, что в ЦК принято твердое решение убрать Вайнова и Нефедова, присоединились к их критике. Выступил на сессии и Зимин, прямо обвинивший Нефедова в контрреволюционной деятельности. Это происходило на фоне новых разоблачений и арестов: секретарей райкомов Э. Каца, Г. Помыкалова, Н. Горского, М. Пикунова, А. Корегина, сотрудников облисполкома А. Прокофьева и А. Сергушева, а также ряд других работников партии и нескольких директоров заводов. Всего около 20 видных фигур в области. Почти все они были арестованы, включая самого Нефедова, последний, вскоре уже давал признательные показания об антисоветской деятельности.22 Бывший первый секретарь Вайнов находился на свободе до 23 июня. Первый этап чистки в Ярославской области завершился.

В начале июня была проведена ограниченная чистка в Восточно-Сибирском крае, отличие от чисток в других регионах было в том, что это было отчасти неожиданно и началась она с самих руководителей, а не их окружения. 28 мая был арестован 2-й секретарь Восточно-Сибирского Степан Коршунов, после чего в Москву был вызван первый секретарь Михаил Разумов. 1 июня 1937 года он был арестован. В прессе об этом не сообщили. Против него дал показание Герман Кауфман, гражданин Германии, резидент немецкой разведки, связанный с троцкистским заговорщиком Зоомерфельдом, который был связан с преподавателем Финансового института Иркутска Литвиным. Тот в свою очередь напрямую был связан с Разумовым.

Кауфман показал на допросе, отвечая на вопросы следователя Лупекина: «Припоминаю, что ЗООМЕРФЕЛЬД мне говорил, что ЛИТВИН поддерживает связь с секретарем Восточно-Сибирского областного комитета ВКП (б) РАЗУМОВЫМ и что ему известно о принадлежности к троцкистской организации ЛИТВИНА и его связь с фашистской организацией….Да, я хорошо помню, что ЗООМЕРФЕЛЬД назвал РАЗУМОВА как лицо, осведомленное о принадлежности к к.р. троцкистской организации ЛИТВИНА и его связях с фашистской организацией. Кроме того, ЗООМЕРФЕЛЬД говорил, что ЛИТВИН бывал у РАЗУМОВА и консультировал его по различным экономическим вопросам…»23

Он также прямо сказал, что их антисоветская организация напрямую управляется из Германии: «Как я уже показал раньше наша фашистская организация в Сибири является частью „национал-социалистической партии“ в СССР, руководимой германскими разведывательными органами через германское посольство в Москве. Установление связи нашей фашистской организации в Восточной Сибири с троцкистской организацией не являлось исключением, что такая же связь отдельных групп нашей „нацсоцпартии“ с троцкистскими образованиями, использование их германской разведкой практиковалось везде, где существовали наши фашистские организации и в свою очередь троцкистское подполье.»

Кроме того материалы прямо указывали на его связь с Федором Леоновым, бывшим персеком Восточно-Сибирского крайкома, снятого в ноябре 1933 г. Он также был арестован 1 июня. Спустя более чем две недели, 16 июня арестовали главу облисполкома Якова Пахомова, бывшего видного деятеля компартии Украины.