В наступившем 1916 году основной задачей русских подводных лодок стала борьба с неприятельским судоходством. Март и апрель 1915 года ознаменовались рядом успешных десантов и наступлением русских войск в районах турецких портов Хомуркан и Офф. Подводные лодки также продолжали патрулирование в районе Зонгулдака, совместно с блокадными эскадренными миноносцами. Русские подводные лодки в юго-западной части Черного моря оказались главным средством борьбы на коммуникациях противника. Кроме того, подводные лодки начали еще и действия по нарушению судоходства между Турцией и нейтральной Румынией, территориальные воды которой использовались для перевозок.

1-13 января 1916 года подводная лодка «Нерпа» дважды обнаруживалась германской подводной лодкой UB8, 8 января 1916 года захватила в качестве приза парусник с грузом. С 27 января 1916 года, в соответствии с распоряжением штаба Командующего флотом, черноморские подводные лодки приступили к систематической разведке турецкого побережья. 28 января – 10 февраля «Тюлень» несла блокадную службу у Босфора. 23 февраля – 4 марта 1916 года в том же районе с задачей блокады Зонгулдака действовала «Нерпа», а с 5 по 13 марта 1916 года – вновь «Морж». 10 марта подводная лодка «Морж», со второй попытки торпедировала и потопила турецкий колесный буксир «Darica», вышедший из-за мола в Зонгулдаке, а буксировавшиеся им восемь барж остались дрейфовать. 12 марта 1916 года подводная лодка атаковала находившийся в дозоре у Зонгулдака турецкий вспомогательный тральщик «Rusumet №-2», но была отогнана огнем береговой батареи. 14–23 марта 1916 года «Тюлень» выходила в поход к берегам Болгарии и Босфору. 19 марта 1916 года подводная лодка в пяти милях от входа в Босфор обнаружила и атаковала двумя торпедами большой пароход, следовавший в охранении миноносца из Зонгулдака с грузом угля. Поврежденный взрывом одной из торпед турецкий пароход «Dutor», выбросился на берег у Галата – Бурну. 21 марта подводная лодка «Тюлень» у о. Кефкен обнаружила большую группу парусных шхун с грузом угля. Сблизившись с ними, «Тюлень» начала артиллерийский обстрел, потопив в итоге 11 шхун, причем некоторые из них пришлось поджечь, а для ускорения затопления даже таранить.

26 марта – 5 апреля 1916 года в район Зонгулдак – Босфор выходила подводная лодка «Морж». Утром 29 марта 1916 года «Морж» была вынуждена находиться в подводном положении двенадцать часов, что очень тяжело сказалось на самочувствии личного состава. На следующий день в 25 милях от Босфора подводная лодка была атакована гидросамолетом, вынудившим ее погрузиться. 3 апреля 1916 года «Морж» прошла в подводном положении к Босфору, обнаружила на мели у м. Кара-Бурну пароход «Dutor» и торпедировала его. Одновременно взрывом торпеды был уничтожен и подошедший к борту парохода большой парусный бриг. По возвращении командир подводной лодки поднял вопрос о необходимости регенерации воздуха на борту подводной лодки при длительном пребывании под водой, а также предложил демонтировать торпедные аппараты Джевецкого, вооружив подводную лодку противозенитными орудиями.

5-15 апреля 1916 года «Тюлень» выходила в поход, действуя у Анатолийского побережья в районе Босфора. 8 апреля 1916 года в районе Шиле подводная лодка была атакована гидросамолетом, сбросившим на нее пять бомб. Ночью у Акчакоджи «Тюлень» перехватила и, с намерением захватить в качестве приза, обстреляла каботажный колёсный паром «Eseri Merhamet». При этом установленное в носовой части австрийское 88-мм орудие дало осечку, и огонь пришлось вести только из 5 7-мм кормового отечественного орудия. Пароход успел выброситься на берег, и был добит днем торпедой. В тот же день подводная лодка потопила артиллерийским огнем бригантину и шесть барж.