Братья развивали свою деятельность не только в столице моравского государства, но в других городах и селах. Таким образом в Моравии был заложен фундамент независимой славянской народной церкви.

Одной из важных задач, стоявших перед братьями как послами византийского императора, было договориться с Франкским государством, которое стремилось укрепить и распространить свое влияние через франкских священников, уже работавших в Моравии, и Римским престолом, осуществлявшим церковную юрисдикцию над моравским государством. Появление славянского духовенства давало возможность мораванам отказаться от немецких миссионеров, поэтому они выступали против славянского богослужения, преследуя цель закрепить не только церковную, но и светскую власть восточнофранкских феодалов над славянским государством.

Для успеха византийской миссии в Моравии нужна была поддержка Рима. Восточная экспансия франкских миссий, намерение епископов Пассау и Зальцбурга создать сильную германскую церковь в Центральной Европе настораживали папу Николая I. Он полагал, что такие действия могут подорвать верховенство римского престола, поэтому решил поддержать христианскую миссию братьев. В 867 году папа Николай I послал приглашение Константину и Мефодию вместе с учениками посетить Рим. Смерть папы не перечеркнула планы Рима в отношении византийской миссии в Моравии. В ноябре 867 года новым папой стал Андриан II. Он рукоположил Константина и Мефодия, разрешил вести в Моравии богослужение на славянском языке и назначил архиепископом славянской церкви Мефодия. Константин в 868 году принял схиму, взяв имя Кирилл, и вскоре умер в Риме. Мефодий с учениками вернулись в Великую Моравию, где политическая ситуация сильно изменилась с тех пор, как они покинули страну.

При поддержке Людовика Немецкого в 870 году власть в стране перешла к племяннику Ростислава Святополку (871–894). Своего дядю новоиспеченный правитель отправил в темницу. Но вассалом Людовика Немецкого не стал, а, напротив, несколько лет успешно воевал против него. Однако после заключения в 874 году Форшхаймского мира присягнул на верность немецкому королю и обязался платить трибут (дань).

Памятник Святополку I в Братислав

В определенных рамках Моравия все же сохранила свою независимость. В результате военных набегов на близлежащие земли Святополк даже сумел расшить границы своих владений. С его правлением наступает период расцвета и подъема Моравии. В это время государство Святополка объединяло Моравию, Западную Словакию, Чехию, сербские племена по реке Сала, лужицких сербов, силезские племена, вислян Краковской земли, славян Паннонии. Во внешней политике Святополк умело использовал противоречия между ключевыми игроками: между Восточнофранкской империей и Римом, а также между Римом и Византией.

Связанный данническими отношениями с германским королем, Святополк не мог продолжать прежнюю провизантийскую политику Ростислава (да и не видел в этом выгоды), и поэтому франкское духовенство значительно усилило свою власть. Вернувшись из Рима в качестве архиепископа, Мефодий обнаружил, что лишился поддержки князя. Франкский клир в 872 году добился его ареста, и около трех лет Мефодию пришлось провести в заключении в монастыре Райхенау. Потребовалось вмешательство папы Иоанна VIII, чтобы его освободили. После того как его выпустили на свободу, Мефодий с учениками продолжили свою деятельность, протекавшую в трудных условиях, так как латинско-немецкое духовенство всячески препятствовало распространению славянского языка как языка церкви.