Подобные действия предполагают выполнение государственно-управленческих функций: нормативное регулирование соответствующей сферы (отрасли); контроль и надзор; управление государственным имуществом; организация оказания государственных (муниципальных) услуг.

Бюджетная программа органа власти, в компетенцию которого входит организация государственных (муниципальных) услуг, существенно будет отличаться от программы, например, контрольно-надзорного органа власти в соответствующей сфере. Эти отличия и должны быть учтены в разработке конкретных методик формирования программных бюджетов.

Принцип автономии. Цели, задачи, мероприятия одной программы не должны дублировать цели, задачи, мероприятия другой программы. Расходные обязательства бюджетных программ не должны «пересекаться».

Принцип полноты. Определяет необходимость отражения всех расходов по программам в расходах бюджета на очередной финансовый год и плановый период (в бюджетной классификации). Программный бюджет, в отличие от традиционного, составляется на основе классификации расходов по программам (цели, виды государственных услуг), а не на основе статей затрат (оплата труда, материалы, оплата услуг и т. п.). Программная структура является способом описания расходов в контексте достижения поставленных целей и задач. Стратегические цели государства выражаются в виде детализированных мероприятий и результатов деятельности органов исполнительной власти.

Принцип композиции. Определяет необходимость согласования целей бюджетных программ и прогнозов (планов) социально-экономического развития. Цели бюджетных программ ориентированы на финансовое обеспечение реализации целей более высокого уровня – социально-экономического развития государства в отношении всех субъектов экономической системы. Бюджетные программы носят обеспечивающий характер по отношению к тем обязательствам, которые установлены государством в порядке регулирования отдельных видов экономической деятельности, обеспечения социальной защиты населения и предоставления публичных услуг.

Для практической реализации организационно-управленческих и организационно-методических принципов необходима классификация бюджетных программ по различным критериям с целью выявления существенных признаков каждой группы, их сходств и различий, которые должны быть учтены в процессе разработки методического обеспечения элементов модели программного бюджетирования.

Целевая бюджетная программа одновременно может классифицироваться по нескольким признакам, которые взаимно дополняют друг друга. В то же время признаки позволяют системно расположить (сгруппировать) определенные программы в соответствии с заданными критериями. Опираясь на некоторые признаки, можно принять решение о необходимости включения или исключения программы из планируемого комплекса программ развития исследуемой территории. Другие характеристики могут стать базой для формирования первоначальных оценок эффективности ее реализации, прежде всего, посредством выделения целевых ориентиров и потребностей в ресурсах.

В настоящее время нет единой классификации программ, у каждого автора свои классификационные признаки и критерии. При этом большинство авторов в той или иной интерпретации выделяют следующие критерии: уровень территориального управления и масштабы реализации, сроки достижения поставленных целей, уровень принятия решения о разработке и реализации программы, глубину решаемых задач развития, содержание и основополагающие проблемы регионального развития, источник проблемы, решаемой программой, отраслевой охват и др.