В этом году противостояние Годунова и Шуйских достигло апогея – большая часть думы, выступавшая на стороне князей Шуйских, затеяла бракоразводный процесс царя Фёдора с царицей Ириной под предлогом бездетности брака. Был созван Земский собор во главе с митрополитом Дионисием, по итогам которого был написан «приговор», доставленный земцами царю. В нём рекомендовалось отпустить царицу в монастырь и «принять» второй брак, «чадородия ради». В невесты ему подобрали самую родовитую во всем государстве девицу – Ирину Ивановну Мстиславскую – родную сестру боярина Фёдора Ивановича. Но царь Фёдор неожиданно для всех проявил характер и категорически отказался разводиться, тем самым развязав руки Годунову, немедленно начавшего процесс против «изменщиков» -руководителей Земского собора: в сентябре были осуждены, а 13 октября 1586 года лишены сана и отправлены в ссылку митрополит Дионисий и его «собеседники», организовавшие этот земско-церковный собор. Неудавшуюся невесту срочно выдали замуж, но Шуйские и не думали сдаваться. Боярская оппозиция снова ответила беспорядками в Москве, начиная с сентября, столица опять бунтовала и осаждала Кремль.

Все эти бесконечные бунты и заговоры имели своей конечной целью передать управление Россией польской короне относительно мирным путем. В конце ноября глава заговора – князь Андрей Шуйский – был замечен на литовской границе, где под видом охоты вел тайные переговоры с польской стороной. А декабрь 1586 года стал переломным моментом в их борьбе с Годуновым за обладание московским троном. Летописи и донесения польских шпионов отмечают крупные волнения и беспорядки в Москве, зачинщиком которых единогласно назывался князь Андрей Иванович Шуйский. Этот заговор имел своей целью уже не просто устранение Годунова или насильственное пострижение царицы Ирины в монастырь, а свержение самого царя Фёдора в пользу малолетнего царевича Дмитрия, так как впервые в числе заговорщиков были прямо упомянуты царица Мария Нагая и её родственники. Шуйские решились на переворот еще и под угрозой неизбежной, как казалось, войны с Речью Посполитой, так как уже было известно о прошедшем тогда же в декабре заседании польского Сейма, обсуждавшего исключительно технические подробности нападения на Россию. Заговор был подавлен, и в конце декабря на Пожаре отрубили головы шести московским купцам.

Позже, в 1589 году, Годунов в разговоре с австрийским посланником Николаем Варкочем сказал про эту ситуацию: «…душеприказчики (Ивана Грозного) … стремились соединить Москву с Польским государством…»52. Таким образом, «измена» боярства, собственно, заключалась даже не в демарше с разводом, который послужил хорошим поводом для расправы над оппозицией царю, а в тайных переговорах Шуйских с польским королем Стефаном Баторием, готовившемся к войне с Россией. В них обсуждались все варианты мирного присоединения России к Речи Посполитой: смена одного царя на другого, полная замена династии, брак царицы Ирины (вдруг и кстати овдовевшей бы) с самим Баторием, переход бояр под власть польской короны добровольно и т. д. Все действия клана Шуйских были направлены на соблюдение в целости и сохранности своих новоприобретенных «землиц» на западной границе, которую и собиралась нарушить Речь Посполитая. Любые военные действия против Московии неизбежно разорили бы эти богатейшие торговые города и привели к уничтожению и насильственному перемещению населения на польскую территорию, что через 20 лет во время Смуты и произошло. Но в тот момент корыстные интересы Шуйских случайно совпали с государственным интересом в сохранении мира на западных границах. Уберегли от войны и разорения, впрочем, не кремлёвские «оппозиционеры», а опять же случай – 12 декабря 1586 года польский король Стефан Баторий внезапно умер. В Польше наступило междуцарствие, и царь Фёдор Иванович из «легкой добычи» для рыцарства Речи Посполитой вдруг превратился в одного из трех реальных претендентов на польскую корону.