Царствование тихого и порядочного Фёдора Ивановича вовсе не было приятным и спокойным времяпрепровождением. Он и его семья находились в постоянной смертельной опасности от собственных бояр, с увлечением юнцов игравших во власть. 1586 год начался очень бурно: было раскрыто сразу два заговора – против самого Годунова и семьи царя Фёдора, который не решился на открытое расследование дела и только усилил личную охрану, опасаясь покушения; и дело об отравлении царевича Дмитрия и его семьи в Угличе. Джером Горсей упоминает даже некий розыск по делу об отравлении семейства Нагих в Угличе: «Был раскрыт заговор с целью отравить и убрать молодого князя, третьего сына прежнего царя, Дмитрия, его мать и всех родственников, приверженцев и друзей, содержавшихся под строгим присмотром в отдаленном месте у Углича»48. Томас Смит упоминает, что жертвой покушения стала мамка царевича, погибшая от яда49. Заговоры против семьи царя и царевича, по всей видимости, следует отнести к февралю-марту 1586 года по современному летоисчислению50. Горсей не упомянул инициаторов заказных убийств, но заинтересованные лица вскоре сами начали совершенно открытую борьбу за власть.
В апреле 1586 года умер от инсульта пожилой Никита Романович Юрьев, один из регентов царя Федора, популярный в Москве боярин, поддерживавший Бориса Годунова, поручив его заботам своих детей. Воспользовавшись ослаблением противника, князья Шуйские и Ф. И. Мстиславский пошли в «наступление» и подняли в столице бунт, пытаясь скинуть, наконец, ненавистного временщика. Толпа бесчинствующих сторонников Шуйских ворвалась в Кремль и потребовала выдать им Годунова на расправу. Сообщение с внешним миром было прервано, и царь оказался в буквальном смысле заложником ситуации, в которой повел себя безукоризненно: он не выдал погромщикам Бориса Годунова. В конце концов, князю Ивану Петровичу Шуйскому пришлось собственноручно усмирять своих разбушевавшихся «сочувственников», так как нужного результата от царя он так и не добился, а поддерживать буйствующую чернь слишком долго было уже рискованно для самих князей. Толпу вывели из крепости, но Кремль, «затворившись», сел в мае в самую настоящую военную осаду.
Уже с первых месяцев царствования Фёдора Ивановича семейство Нагих активно участвует в мятежах и заговорах, почувствовав, что страх со смертью Грозного ушел, и наступило время перемен. Джером Горсей записал свои впечатления от приватной беседы с Борисом Годуновым летом 1586 года, когда тот вернулся из Англии: «Я был огорчён, услышав о заговорах родственников царицы, матери царевича Дмитрия и отдельных князей, объединённых с ним (Борисом Годуновым) в регентстве по воле старого царя, которых он, зная теперь свою силу и власть, не мог признавать как соперников»