В течение длительного времени последователи традиции Ньингма не создавали никаких религиозных центров, не считали обязательным создание институтов монашества и соблюдения предписаний Винаи. Для этой школы свойственен тип религиозности с акцентом на медитацию, на практику отшельничества, на преимущества бедности и активной жизни в диких местах143. Подобный тип религиозности не предусматривал установление каких-либо социорелигиозных институтов, поскольку не нуждался ни в церковной иерархии, ни в разделении социума на монахов и мирян. В рамках этой школы на первый план выдвигались тантрические обеты – религиозные посвящения в ритуальные практики и тайное знание, а монашеский статус не считался обязательным144. Монастыри Ньингма были маленькими, состоящими большей частью из одного ламы, часто женатого, уважаемого за свои особые силы в медитации и посвящениях, которые он мог передать другим, поэтому он всегда был окружен небольшой группой религиозных практиков145.

С точки зрения основных монашеских университетов Центрального Тибета, это разнообразие и децентрализация могли считаться слабостью. Это, конечно, не позволяло развить такой мощный, стандартизированный академический механизм, какой был представлен обучением Гелуг. Это также затруднило формулирование единой комплексной и последовательной ортодоксальности. Наконец, это не обеспечивало достаточной организационной основы для привлечения больших пожертвований для быстрого роста монастырей или для получения и осуществления политической власти. С другой точки зрения, однако, децентрализация традиций Ньингма могла считаться силой, в которой духовность находилась на переднем плане, где оставалось вполне достаточно места для индивидуального творческого потенциала, и такая структура была чрезвычайно гибкой, позволяя различным традициям расти и развиваться каждой своим способом. Также, в течение столетий, вплоть до XIX в., Ньингма построила ряд относительно больших монастырей, в которых обучались монахи, ученые имели возможность стать сведущими в наиболее академических традициях, а наследия могли гарантировать целостность обучения, полученного следующим поколением тулку, ученых и монахов146.

Тибетские монастыри разделяют на три следующие группы: дэнса (тиб. gdan sa), шийдон (тиб. gzhis dgon) и шундон (тиб. gzhung dgon). Под категорию шундон подпадпли только государственные гелугпинские монастыри Сэра, Галдан и Дрепунг потому что, хотя у них имелась собственность, они часто получали помощь от государства в случае необходимости. Центральные резиденции отдельных школ – это дэнса. До 1959 г. они включали, например, Сэра, Галдан и Дрепунг для школы Гелуг; Цурпу и Дигун – для Кагью; Сакья – для школы Сакья. Центральные монастыри также еще называли «материнскими». Каждый такой монастырь имел отделения своей школы, присоединенные к нему, которые назывались «подчиненными» (тиб. gzhis dgon, шийдон или dgon lag, гонлаг)147. Монастыри шийдон, или «дочерние» монастыри, являлись как бы филиалами главного большого монастыря или монастырской системы определенной школы тибетского буддизма, и таким образом, были связаны с большими центрами религиозного обучения. «Дочерние» монастыри были в основном небольшими, вмещая в своих стенах не более ста монахов148.

Каждый монастырь образовывал самостоятельную экономическую единицу. Вся собственность, которую монастырь получал по наследству или иными путями, полностью принадлежала всей монашеской общине, как и благотворительные дары, поднесенные монастырю от частных лиц. Исключения составляли особые подношения, поднесенные монаху по случаю совершения конкретного ритуала. «Дочерние» монастыри, хотя и находились в подчинении у «материнских» монастырей, сами управляли своей собственностью, она использовалась для их поддержания. Но их обитатели были обязаны определенное учебное подготовительное время проводить в главном монастыре