Однако в российское подданство ученый перейдет только через 10 лет, пока же он только начинает профессорскую деятельность в университете: 12 января 1836 года состоялась его первая лекция. Ученый остается верным себе, вновь рассуждая о том, что истинная теория – это практика, что нужно отвечать нуждам современности и стремиться из своих исследований извлекать прикладную пользу. Так, например, обращаясь к студентам, Якоби сказал: «Ваша потребность в том, что полезно, и мои ожидания должны привести к взаимному пониманию, и, я думаю, из этого проистечет осуществление и удовлетворение для обеих сторон. Но если бы даже мы в дальнейшем прилагали меньше усилий, чем мы имели в виду в начале, живое веяние времени само послужило бы нам мощным стимулом; мы целиком проникнуты им, мы не можем уйти от того направления, которое оно нам указывает. Я думаю, что характеристика моя будет правильна, если я скажу, что нашему времени поставлена задача довести до полного расцвета самое полезное – материальные интересы – и дать ему то оправдание, которое всегда выпадало на долю искусства и науки. Мы не будем противопоставлять полезное – искусству и науке, мы возвысим его на одну с ним ступень».

Предмет своего преподавания он видел как яркий пример, демонстрирующий верность его рассуждений, ведь здесь на основе физики, математики и химии достигается практический успех. До нас дошли такие слова ученого из его лекций: «Дисциплина, которую я имею честь представлять в здешнем университете, имеет задачей содействовать успеху того, что созрело на почве науки и является технически и практически полезным. Строительное искусство в самом широком смысле усваивает наиболее многочисленные и наиболее ценные достижения науки и всяческой прикладной деятельности; оно является как бы второй природой, созданной человеком и для нужд человека. Оно, с одной стороны, привлекает к своей работе искусство, возвышая и облагораживая через его посредство форму первобытных потребностей и вовлекая их в круг культуры и нравственности; с другой стороны, оно использует широкую основу точных наук, результаты, добытые физикой, химией и математикой; оно объединяет и заключает в себе разнообразнейшие запросы жизни и управляет ими; здесь оно воздвигает храмы, дворцы и дома… там оно проводит улицы и каналы, строит гавани, чтобы быстро и надежно удовлетворить запросы общественного развития; наконец, ставя себе на службу силы природы, оно создает в своих машинах неистощимый источник работы».

Якоби и далее возносил значимость технических наук такими яркими высказываниями, как: «Из техники исходит и культура, и нравственность, она является началом человеческого самосознания, сопровождает его развитие и является его венцом». И продолжал настаивать на воссоединении теории и практики, как единственного верного развития науки: «Было действительно время, когда художник, пребывая в мире своих идеалов, смотрел с глубоким презрением на ремесленника, который, будучи ограничен тесным кругом своего ремесла, благодаря своей работе доставляет себе житейский уют и удобства; время, когда ученый, погруженный в свои глубокие и серьезные размышления, отвергал все, что напоминало ему о мирской суете. Один из выдающихся философов определял даже полезное, как самую низкую сторону человеческого сознания. Если иногда в этом обособленном мире сверкала молния, освещая тьму кругом, то этот свет казался не обыкновенным приветливым светом, а скорее порождением темных, враждебных сил».

22 августа того же года ученый выступил с речью «О значении внутренних путей сообщения» на торжественном заседании Дерптского университета, в которой сделал акцент на том, как важно проводить исследования с целью совершенствования транспорта и транспортной системы. Среди прочего он отметил: «Нигде во всей просвещенной Европе не идут с такой радостью и охотой навстречу истинным потребностям науки, не жалея никаких жертв, когда дело идет о достижении целей, признанных полезными и значительными… Путь этот единственный, на каком можно приобщить безграничные области России к общественному развитию… только этим могла быть разрешена задача достичь в столь короткое время таких гигантских успехов». И далее о русских ученых и приглашении принять участие в их работе: «Вся Европа удивляется глубокой серьезности, с которой они намечают и разрешают задачи науки, и тому, как они умеют представить ее достоинство»; «Я принял приглашение сюда с самой искренней радостью и без малейших колебаний, ибо мне сказали, что я найду здесь прекрасное и богатое поле для моей деятельности».