В 1835 году авторитет Морица Якоби стал так велик, что Ф. Нейман поставил вопрос о его допущении к защите ученой степени доктора философии, которая и была присуждена ему 24 июня 1835 года. Напомним, что все это время Мориц еще и выполнял обязанности инспектора гавани, а теперь, добившись такого успеха, мог бы претендовать на место в университете. Но здесь его ждала неудача: вакансии, соответствующие его специальности, отсутствовали и никаких перспектив не предвиделось. Кроме того, финансовое положение ученого становилось все тяжелее: все свои сбережения он истратил на дорогостоящие опыты, которые теперь пришлось прекратить. Единственным возможным источником материальной помощи для научных экспериментов в Пруссии того времени являлись денежные пособия от монархов, стремившихся прослыть просвещенными правителями. А. Гумбольдт убедил короля Пруссии Фридриха Вильгельма III в важности и необходимости для науки опытов Якоби, намекнув, что помощь с финансированием создаст хорошую славу монархии. 10 января 1834 года Морицу выдали 600 талеров на продолжение работ по электромагнетизму. Однако, по подсчетам Якоби, для устройства электродвигателя в натуральную величину требовалось в 30 раз больше! Таким образом, карьера Морица вновь зашла в тупик, но внезапно ему улыбнулась удача.

Король Пруссии Фридрих Вильгельм III.

Как говорилось ранее, два русских академика К. М. Бэр и В. Я. Струве проявляли активный интерес к деятельности Морица Якоби. Работая в университете Дерпта (нынешний Тарту), они знали о свободной вакансии профессора гражданской архитектуры и строительства. Тогда В. Струве, будучи в курсе нестабильного положения Якоби, предложил ему переехать в Дерпт и занять это место. В письме А. Гумбольдту Мориц писал об этом так: «Может быть, вашему превосходительству случайно известно, что со стороны действительного статского советника Струве последовал запрос ко мне, не согласен ли я занять кафедру архитектуры в Дерпте, если бы на меня пал выбор Ученого совета. Не колеблясь ни минуты, я принял бы это предложение, ибо, несмотря на шестилетнее ожидание и многократные старания, я не мог получить соответствующего положения, и в будущем также ничего в этом отношении не предвидится. Поэтому я с величайшей радостью воспользовался бы случаем выступить на арену, где мне бы открылась возможность развить деятельность, отвечающую моим силам».

Связь с Россией Якоби чувствовал уже давно по разным причинам. Во-первых, здесь сыграла свою роль, казалось бы, бесполезная служба в гавани Пиллау. Кенигсбергский порт находился близко от границы с Россией и имел огромное значение для вывоза русских товаров на Запад. Экономическое благополучие Кенигсберга крайне зависело от этого обстоятельства, и Мориц прекрасно это понимал. С годами эта зависимость становилась все сильнее, и впоследствии на Кенигсбергский порт даже были распространены русские правопорядки. Во-вторых, Якоби был связан с Россией и в научной сфере, например рассказы А. Гумбольдта, совершившего путешествие по приглашению русского правительства, об огромных богатствах российских недр производили огромное впечатление на кенигсбергских ученых. Наконец, Якоби был невероятно вдохновлен личностью и жизнью писателя А. Шамиссо, принявшего участие в кругосветном путешествии на русском корабле «Рюрик» по рекомендации И. Ф. Крузенштерна. Описание этого путешествия содержало и подробный рассказ о жизни в Петербурге. Друг Карла математик Я. Штейнер шутливо называл Морица «Великим Константином», указывая на его чрезвычайный интерес к России. Впоследствии Якоби не раз вспомнит об этом, удивляясь, как шутка стала своего рода предопределением.