В свой новый поход Дмитрий Лаптев в сопровождении штурмана Щербинина отправился из Якутска вниз по Лене, как только вскрылась река. Всего в экспедиции участвовали 60 человек.

5 июля 1739 г. Лаптев уже выходил к устью восточного, или Быковского протока Лены, где снова встретил льды. Задержавшись в Севастьяновской губе, произвели ее подробную опись. Ко льдам присоединились свежие противные ветры, вскоре перешедшие в шторм.

В общем, повторилась уже давно знакомая картина, и таковы же были и записи: «Закрепясь за одну льдину, ночь провели с великим беспокойством и страхом. На другой день, прорубившись и пробившись сквозь лед, пошли далее, непрестанно сопровождаемые льдами, лежавшими на севере, как пояс», а там пошел густой снег и т. д.

Дмитрий Лаптев имел обыкновение часто посылать на берег шлюпки для опознания местности, для описных работ или же для разыскания удобной на более продолжительную остановку судна гавани. Но вот в одно из этих посещений берега матросы заметили, что вода у берега вдруг стала пресной, тотчас же вторично послали лодку с матросом Романовым и с участниками первой поездки для отыскания предполагаемого поблизости устья реки. Но, увы, в назначенное время лодка на корабль не вернулась, не оказалось ее и на другой день. Шесть дней напрасно ожидали разведчиков. А тем временем «ветром восточным льдов нанесло множество, в которых днем с нуждою на парусах пробавлялись, а ночью всеми людьми судно охраняли и непрестанно то подымали, то опускали якорь».

На корабле, видимо, была лишь одна лодка, с утратой ее корабль потерял теперь связь с берегом. И вот изобретательная мысль путешественников находит выход: из обручей разломанных бочек, соединенных продольной жердью, создается подобие корпуса лодки, после чего она обшивается парусиной. На таких самодельных, крайне не надежных для продвижения через льды пузырях устанавливается сообщение с берегом, который везде оказывается «неприступно отмелым». В конце сентября таинственно исчезает и эта «лодка», посланная на берег с Щербининым. Пока ожидали Щербинина в течение четырех суток, «море совершенно замерзло», а затем «сделавшимся от юго-запада штормом разломало лед и вместе с ним понесло судно от берега в море».

Пятнадцать часов так носило корабль. Глубина увеличилась до 5 сажен, и от места, на котором стояли, пронесло в море на 40 верст. Странствия корабля закончились тем, что 9 сентября он снова очутился против устья реки Индигирки, но на этот раз у восточного ее протока. Тотчас отправились на берег и, к великому своему изумлению, нашли здесь в ужасном виде всех своих, с обеих лодок, товарищей, которых уже давно считали погибшими. Выкинутые на берег, полярные робинзоны претерпели все ужасы не приспособленного к жизни бытия: «Обмокшие, без огня и без пищи, они терпели жестокий холод и едва не умерли с голоду, питаясь травою и встречаемыми песцами».

Но нерадостно было возвращение спасенных на судно: на нем не было ни полена дров и экипаж мерз так же жестоко, как и они на берегу. Вдобавок грянувшие морозы прочно заклинили судно во льды. Судно обмерзло, и ввести его в реку на зимовку не было уже никакой возможности. А берег был всего в 11 верстах. Не дожидаясь, когда судно будет сплющено льдами, Лаптев распорядился оставить его и перебраться на берег. Быстро соорудили нарты и стали переправляться. 22 сентября все уже были на берегу – диком и пустынном.

Зимовать здесь было, конечно, невозможно. «Русское жило», отстоящее отсюда в 150 верстах, казалось местом наиболее подходящим для этой цели, туда и переправились. Несмотря на приключившуюся с моряками катастрофу, они не забывали о главном своем деле и тотчас по переезде на берег энергично принялись за опись берегов. Матрос Лошкин обошел морской берег до реки Алазеи и по Голыжинскому протоку Индигирки, а Щербинин и геодезист Киндяков описали восточное и среднее устья этой реки. На следующий год, весной, Киндяков произвел опись берега от Алазеи до Колымы. Щербинин занес на карту берега реки Яны, а сам Дмитрий Лаптев описал Хрому. Зимовка протекала в целом благополучно.