Особенно Ефрем восставал против дерзких покушений суемудрия – постигнуть непостижимое. Бесконечность Божества и ограниченность ума человеческого, тайны мира духовного и тайны природы видимой, свидетельство слова Божия и голос собственного сознания каждого – все приводит он к тому, чтобы уверить в безрассудстве тех, которые усвояют себе или мечтают приобресть знание сокровенного существа Божия. «Спроси мудрых и взвесь внимательно слово их: есть у человека другая душа – вера (а не знание). Тело оживляется духом, а дух верою: без веры он труп».

Не довольствуясь сим, Ефрем внес в свои песни духовные и разрешение обыкновенных возражений ариан против учения о Божестве Иисуса Христа. «Мудрый исследователь, – говорит он в одном месте, – умеет восстановить согласие между такими местами Писаний, которые людям безрассудным кажутся противоречащими; соединяет их, своим разумением соглашая разногласное, и водворяет мир между раздраженными слушателями». И сам выполнил сей долг.

Как глубоко действовали наставления ревностного защитника Православия на жителей Едессы, об этом всего лучше может рассказать следующее событие, засвидетельствованное историками Церкви. Когда Валент, покровительствовавший арианам, изгнал из Едессы православного епископа Варсу (373 г.), тогда православные отреклись от всякого с ним общения и учреждали свои молитвенные собрания за городом. Вскоре прибыл в Едессу Валент и приказал префекту претории Модесту разогнать их в случае нужды даже оружием. Но когда Модест отправился для исполнения такого повеления, ему перебежала дорогу одна женщина с младенцем на руках. «Куда спешишь ты?» – спросил ее префект. «Я узнала, – отвечала женщина, – о замыслах ваших против рабов Божиих, и потому спешу к своим единоверцам, чтобы вместе с ними принять от вас смерть». «Зачем же с тобою ребенок?» – спросил ее еще Модест. «Для того, чтобы и он был участником вожделенной смерти», – сказала ревнительница веры. Такой ответ слабой женщины ясно показывал, чего можно ожидать от прочих сынов Церкви Православной. Модест немедленно донес о том Валенту, и приказание было остановлено: Валент повелел только сослать в заточение до восьмидесяти восьми человек из клира едесского. Такою твердостию в исповедании Православной веры и готовностию умереть за нее жители Едессы, без сомнения, много были обязаны живому одушевлению песнопений пророка Сирского.

В некоторых песнопениях преподобный Ефрем касается и других лжеучений, возникавших в Церкви, но по большей части мимоходом. К числу таких принадлежат заблуждения Аудия и мессалиян. Аудий (по-сирски Удо) сделался известным в Месопотамии (около 340 г.) как лжеучитель по своим антропоморфическим представлениям о Божестве. Грубо понимая слова Писания о первом человеке, созданном по образу и подобию Божию, и опираясь на те места священных книг, где человекообразно приписываются Божеству члены тела и действия человеческие, он утверждал, что и Бог имеет тело. Можно думать, что одно из песнопений преподобного Ефрема, где объясняется библейский, человекоподобный образ выражения о Божестве, направлено было к рассеянию сего заблуждения, хотя здесь и не встречается имя Аудия. «Восхвалим, – говорит он, – Того, Кто усвоил Себе именование наших членов: ушей – чтобы знали, что Он слышит нас; очей – чтобы знали о Его пребывании с нами и умели смотреть за собою», – и так далее.

Заблуждение Аудия хотя и грубо, но не столько могло быть опасно, сколько лжеучение мессалиян, или евхитов. Их мнимо духовное направление вело к разрушению существенных оснований Церкви. Отвергая силу таинства крещения, они приписывали освобождение человека от духа злого единственно молитве внутренней; в ней только находили средство к привлечению Духа Святаго в человека; облагодетельствованному таким образом усвояли полную свободу от греха и от всех подвигов борьбы с грехом, созерцание Божества и ве́дение будущего. Такие вредные мнения проповедовали в Едессе Аделфий, Евстафий и другие. Преподобный Ефрем укоряет мессалиян в праздности и развращении; все исследования о мессалиянах, какие производились потом на Соборах в Малой Азии и Сирии, совершенно оправдывают такой отзыв. Мнимые «молитвенники» не хотели заниматься никаким трудом, и праздность с ложным убеждением в своей святости приводила их к разным порокам. Но невероятно, чтобы ревнитель истины удовлетворился одним только кратким упоминанием о них и не позаботился противопоставить злу более крепкий оплот. Может быть, вредные мнения, прикрываемые благовидным уважением к молитве, равно как и другие заблуждения еретические, врачевались заботливостию Ефрема дать ей верное направление и усилить молитву собственно церковную.