Был оставлен и полуостров Виртсу, имевший важное значение для обороны Моонзундских островов. На Виртсу проходила железная дорога, по которой шло снабжение Моонзундских островов и кораблей. Между Виртсу и островом Муху расположен рейд Куйвасту и проходит фарватер пролива Вире-Курк, связывающий Моонзунд с Рижским заливом. Командующий Прибалтийской ВМБ П.А. Трайнин со своим штабом перешел на эсминец «Грозящий».

8 июля ценное имущество с Виртсу было эвакуировано на Муху, а железнодорожные линии и подвижной состав были уничтожены. В тот же день основные силы 217-й пехотной дивизии противника, захватив Пярну, продолжали наступление вдоль железной дороги Пярну – Таллин. Отдельные отряды моторизованной пехоты противника вели наступление вдоль побережья в направлении Виртсу и Хапсалу. 10 июля немцам удалось прорваться в район Виртсу и обстрелять остров Муху и наши катера и буксиры, стоявшие на рейде.

После оставления Рохукюля Прибалтийская военно-морская база решением Военного совета от 10 июля, просуществовав на новом месте всего 8 суток, была расформирована.

Военный совет флота приказал коменданту БОБР генералу А.Б. Елисееву и командиру ОЛС В.П. Дрозду организовать высадку десанта, поддержать его артиллерией с берега и кораблей, авиацией, выбить противника с Виртсу и удерживать пристань. На рассвете 18 июля после небольшой артиллерийской подготовки с эсминцев и береговой батареи № 43 десант был высажен, разбил противника и отбросил его на 50 км к Пярну.

Во второй половине июля был восстановлен военный порт Рохукюля, который снабжал базировавшиеся в Моонзунде корабли и части, располагавшиеся на островах.

Вся ответственность за оборону Моонзундских островов и Рижского залива возлагалась на коменданта БОБР генерал-майора А.Б. Елисеева, в распоряжении которого были переданы силы, ранее входившие в состав Прибалтийской базы. Два сторожевых корабля и три эсминца отряда легких сил, ранее только взаимодействовавшие с Прибалтийской базой, перешли в полное подчинение коменданта БОБР.

На силы, объединенные решением Военного совета под командованием коменданта БОБР, возлагались следующие задачи:

оборонять Моонзундские острова;

периодическими действиями нарушать морские сообщения противника в Рижском заливе и Ирбенском проливе;

обеспечить траление, противолодочную оборону и другие виды обороны в своем районе;

обеспечивать выход в Балтийское море и возвращение подводных лодок, которые могли выходить в Балтийское море и возвращаться в свои базы только через Моонзунд и Соэла-Вяйн.

В начале августа на остров Сарема был перебазирован 1-й минно-торпедный полк ВВС КБФ, который нанес ряд ударов по Берлину.

До середины июля противник не предпринимал активных действий против островов и кораблей, базировавшихся в Моонзунде. Немецкое командование ограничивалось постановкой минных заграждений севернее острова Хиума, в Соэла-Вяйн и в Ирбенском проливе, блокированием подводными лодками выходов из Финского и Рижского заливов, и отдельными бомбардировочными ударами по батареям, аэродрому и кораблям.

Для того чтобы вовремя обнаруживать корабли противника и не допускать их в Моонзунд и Рижский залив, в зоне БОБР была организована дозорная служба: к западу от Ирбенского пролива находилась на позиции подводная лодка, а восточнее, в самом проливе, в начале войны несли дозор эскадренные миноносцы. Они имели также задачу препятствовать противнику тралить наши минные заграждения. В поддержке дозора находились торпедные катера, эсминцы и 180-мм батарея мыса Сырве.

Дозорные надводные корабли систематически подвергались атакам авиации и нуждались в постоянном прикрытии истребителями, которых катастрофически не хватало. После того как эсминец «Сметливый» был поврежден авиацией, командование флотом решило надводные корабли в дозор в Ирбенский пролив не посылать. Вместо них на позиции между мысом Колкасрагс и островом Рухну была выставлена подводная лодка.