Сопровождавшие крейсер эсминцы «Грозящий», «Стойкий», «Сметливый» держались в охранении впереди и по сторонам крейсера. За «Кировым» в кильватерной колонне шли плавбазы «Смольный», «Иртыш» и подводные лодки М-81, С-8, «Калев», «Лембит», М-77, М-79. Ни один из кораблей, не исключая и тральщиков, не был размагничен. В 16.36 шедшая в кильватер плавбазе «Иртыш» подводная лодка М-81 подорвалась на магнитной мине и спустя две минуты затонула. Так корабли КБФ впервые столкнулись с магнитными минами.

Оставление Либавы, Вентспилса, Риги и Усть-Двинска вынудили наши части 29 июня уйти с южного берега Ирбенского пролива и взорвать при этом недавно установленные береговые батареи, ирбенская минно-артиллерийская позиция потеряла свое значение.

В тот же день, 29 июня, народный комиссар ВМФ приказал Военному совету флота острова Сарема и Хиума оборонять независимо от обстановки на сухопутном фронте. Он предлагал сосредоточить в районе архипелага четыре эскадренных миноносца, дивизион малых подводных лодок, два тральщика, отряд торпедных катеров и сторожевые катера ОВР, объединить эти силы под общим командованием и возложить на них оборону входа в Рижский залив. Действия кораблей по обороне должны были поддерживать авиация и береговая артиллерия. Этим приказанием нарком ставил КБФ задачу оборонять вход в Рижский залив и в случае отхода наших войск из Риги. Для успешного выполнения этой задачи необходимо было организовать военно-морскую базу в Моонзундском архипелаге.

После ухода ОЛС в Моонзунде были оставлены эсминцы «Сердитый», «Смелый» и «Энгельс». В период борьбы за Рижский залив количество эсминцев и сторожевых кораблей менялось.

2 июля в Моонзунде была организована Прибалтийская военно-морская база, командир контр-адмирал П.А. Трайнин. В нее вошли: Береговая оборона Балтийского района (БОБР), отряд торпедных катеров, вновь организованная Охрана водного района Моонзунда (ОВР) и военный порт Рохукюля. Командиру базы была также подчинена авиация, базировавшаяся на островах, и оперативно подчинена эскадрилья бомбардировщиков 73-го полка, находившаяся в Пярну. Корабли отряда легких сил, участвовавшие в обороне островов и Рижского залива, были оперативно подчинены командиру базы; подводные лодки – командиру бригады подводных лодок, который должен был копии приказаний лодкам сообщать командиру Прибалтийской базы.

Таким образом, единый командир обороны всего намеченного района, вопреки указаниям наркома, так и не был определен. Это явилось одним из основных недостатков в обороне Рижского залива.

В состав ОВРа Моонзунда вошли четыре малых охотника за подводными лодками, дивизион катеров-тральщиков типа «Р» (шесть катеров), отряд сторожевых катеров типа КМ (шесть катеров), ТЩ-297 («Вирсайтис»), два буксира, транспорт «Космос», и Охраны рейдов Рохукюля, Триги, Кярда и Куйвасту.

Условия базирования в Моонзунде оказались значительно хуже, чем в Усть-Двинске: не было складов, запаса топлива, мастерских даже для элементарного ремонта кораблей и катеров, рейды не были защищены ни с моря, ни с воздуха.

4 июля начальник штаба флота приказал командиру Прибалтийской ВМБ в случае отхода 8-й армии на восток перенести базу на остров Сарема. В тот же день из Пярну на восточные аэродромы перелетел 73-й авиационный полк.

Около 4 часов 5 июля контр-адмирал П.А. Трайнин получил от командующего флотом приказание немедленно приступить к вывозу на Сарема и Хиума всего имущества, которое может быть использовано для усиления обороны островов. Все остальное, что не удастся вывезти, предписывалось уничтожить в последний момент, сообразуясь с обстановкой. Командир Прибалтийской базы, не имея связи с армейским командованием и не уточнив обстановки, решил отойти на острова. К 9 июля из Рохукюля было вывезено все имущество и снаряжение, а 30 т бензина и четыре вагона мин при отходе были уничтожены.