После окончания духовного училища Николай Исакович поступил в Могилевскую духовную семинарию. Владыка впоследствии с ужасом вспоминал годы «лютого», по его собственному выражению, семинарского обучения. Каждый день учащиеся ожидали учителей и начальство со страхом и трепетом. После утренней и вечерней молитв в присутствии всего училища пороли детей, наказанных за малейшие проступки, а иногда и без всякой вины. По крайней мере, так казалось самим детям. Розгами секли по рукам и за плохое чистописание.
Итак, училище, семинария… Для XIX века это был традиционный для выходцев из духовного сословия («поповичей») путь. Кроме того, именно в это время была проведена крупнейшая реформа духовного образования, результатом которой стало учреждение четырехступенчатой модели обучения, включавшей в себя церковно-приходские школы, духовные училища, семинарии и академии. Данная система, разработанная в 1808–1814 годах, предназначалась исключительно для детей духовенства, хотя, конечно, были и исключения. Духовные академии, которых было открыто всего четыре (Санкт-Петербургская – в 1809 году, Московская – в 1814-м, Киевская – в 1819-м, Казанская – в 1842-м), должны были быть не только высшими духовными учебными заведениями, но и научно-богословскими центрами и одновременно контролирующими учреждениями. Каждая из семинарий, согласно проведенной реформе, должна была входить в состав одного из четырех духовно-учебных округов во главе с одной из духовных академий. Могилевская семинария входила в округ именно столичной академии. Поэтому Николай Исакович, как лучший выпускник средней духовной школы, каковой являлась семинария, был направлен для продолжения обучения именно в столичную духовную академию.
Санкт-Петербургская духовная академия была открыта в 1809 году. Очень много для ее развития сделал третий по счету ректор – епископ Филарет (Дроздов) (впоследствии митрополит Московский), возглавлявший богословскую школу с 1812-го по 1819 год. В 1819 году владыку Филарета на посту ректора сменил один из его выдающихся учеников – архимандрит, а впоследствии митрополит Санкт-Петербургский Григорий (Постников). Этот архиерей вошел в историю как один из видных борцов со старообрядческим расколом и основатель трех церковных журналов – «Христианского чтения» (Санкт-Петербургская духовная академия), «Православного собеседника» (Казанская духовная академия) и «Духовной беседы» (Санкт-Петербургская духовная семинария). На период ректорства архимандрита Григория пришлось открытие и введение в эксплуатацию в 1819 году нового академического здания. Для наставников и студентов академии, теснившихся до этого времени на территории Свято-Троицкой Александро-Невской лавры, это было чрезвычайно важное событие. Сохранились только самые теплые воспоминания о «Доме премудрости», который тогда был удален от столицы. Близлежащая же территория, обсаженная новыми деревьями, давала чистый и свежий воздух и создавала все необходимые условия для вполне комфортной (по студенческим, разумеется, меркам) жизни и занятий учащихся. Именно академический сад вызывал восторг у многих воспитанников: «Какое отрадное влияние и значение имел академический сад в жизни студентов! Он то же, что у древних греческих философов – сад перипатетиков! Он был отдыхом и развлечением, он же утешал мятущихся, взволнованных, укреплял в истинах и выводах философов, освежал мысли филологов, воодушевлял поэтов и эстетиков… И кто из студентов с приятным чувством не вспоминал о нем в жизни!..»