В постсоветское время к наследию архиепископа Нила стали обращаться все чаще. Одним из первопроходцев стала Галина Федоровна Анастасенко, минералог, директор Минералогического музея кафедры минералогии Санкт-Петербургского государственного университета, опубликовавшая о жизни и деятельности владыки Нила и его минералогической коллекции несколько обстоятельных статей.

В 2000 году в ярославском альманахе «Век нынешний, век минувший…» О. Г. Ивановской была опубликована статья, посвященная архиепископу Нилу как ярославскому краеведу и общественному деятелю. Главное внимание уделено разбору статьи владыки Нила «Ярославский Спасо-Преображенский монастырь, что ныне архиерейский дом»[14]. По мнению исследовательницы, архиепископ Нил в своей работе активно использует новую для XIX века группу источников – церковный архив с многочисленными документами, относящимися к различным сторонам жизни: «Это различные летописи, хроники, временники, монастырские записки, донесения и рапорты священников, жалованные грамоты. Кроме того, архиепископ использует воспоминания современников, очевидцев каких-либо событий и свои собственные наблюдения»[15]. О. Г. Ивановская полагает, что архиепископ Нил как краевед никогда не ставил перед собой задачи написать обобщающий труд по истории Ярославской епархии, он собирал и описывал материал лишь по интересующим его частным вопросам.

Внимание на труды архиепископа Нила обратил и Константин Саймон – иезуит, профессор славянской и русской истории Восточного папского института. Итогом изучения «Путевых записок» стала статья «Латинские цитаты в „Путевых записках“ архиепископа Нила (Исаковича)». Автора поражает образованность владыки, который, описывая сибирскую природу, с завидной периодичностью приводит цитаты из латинских (и не только) классиков. По мнению К. Саймона, «иногда цитаты служат для объяснения психологических состояний и настроений. Но все они отличаются некоторым несоответствием ситуации. Являясь следствием фундаментального классического образования, эти цитаты выглядят на фоне варварского окружения архиепископа Нила как нежная весенняя зелень в снегах диких краев»[16]. К слову сказать, 7 июня 2014 года архиепископом Петергофским Амвросием (Ермаковым) Константин Саймон был принят в сущем сане в Русскую Православную Церковь. 27 марта 2015 года по благословению Патриарха Московского и всея Руси Кирилла наместник Высоко-Петровского ставропигиального мужского монастыря Москвы игумен Петр (Еремеев) совершил монашеский постриг священника Константина Симона. Интересно, сыграла ли в этом обращении какую-нибудь роль образованность русского архиерея Нила (Исаковича)?

Много документов, связанных с деятельностью архиепископа Нила, в настоящее время хранится в двух архивах Ярославля – в ЯМЗ и в ГАЯО. Собрание существует не как самостоятельный фонд (или фонды), но вошло в состав коллекций рукописей данных учреждений. Среди сохранившихся документов имеются отчеты о состоянии Иркутской епархии за 1837–1853 годы, путевые журналы миссионеров Дмитрия Хитрова и Андрея Митропольского, путевые записки владыки Нила за 1843–1850-е годы (1. От Иркутска до Якутии и обратно, 1841–1843 годы; 2. По Ангарскому тракту, 1844 год; 3. По Забайкалью, 1846 и 1847 годы; 4. От Иркутска по Московскому тракту, 1850 год; От Иркутска до Ярославля, 1854 год), переписка и др[17]. Отдельные материалы находятся в Государственном архиве Иркутской области (ГАИО. Ф. 50).

В Российском государственном историческом архиве в фонде Святейшего Синода (РГИА. Ф. 796) было выявлено почти 500 дел, относящихся к деятельности владыки. Именно они и стали основным источником для данного исследования