В конце весны Михаил Мудьюгин был переведен другую следственную тюрьму, на Нижегородской улице, которая потом была переименована в честь академика Лебедева. Протоиерей Александр Ранне вспоминал свой разговор с владыкой, касавшийся его заключения: участие Михаила в деятельности молодежной общины «послужило поводом к его аресту, и он оказался в „Крестах“. Почему-то владыка был абсолютно уверен, что именно в это время там находилась и Анна Ахматова, хотя никаких свидетельств этому возможному факту до сих пор так и не найдено». Это правда: действительно неизвестно, чтобы Ахматову арестовывали, но тюрьма эта «Крестами» не называлась, хотя ее корпуса и были построены крестообразно, причем эта схема была применена в России впервые.

Условия содержания здесь были заметно строже, чем в тюрьме на Шпалерной, но зато здесь оказалось возможным переписываться с заключенными из других камер. Так, Михаил заочно познакомился с католическим священником отцом Болеславом Юревичем, настоятелем костела Посещения Святой Девы Марии. За несколько дней до освобождения Михаила Мудьюгина из-под стражи отца Болеслава осудили на десять лет лагерей, а в конце срока – в 1937 году – он был расстрелян. Здесь же Михаил в последний раз в жизни увидел и пастора Курта Мусса. 21 октября, в день Рождества Пресвятой Богородицы, Михаил Мудьюгин был освобожден. Перед тем как выпустить его из тюрьмы, ему огласили приговор, вынесенный 17 сентября Тройкой Полномочного Представительства ОГПУ в Ленинградском военном округе. Из текста приговора «я узнал, что мне предстояло трехлетнее заключение в концлагере за совершенное мной преступление, предусмотренное статьей № 58-11, а также статьей № 59 Уголовного кодекса», – вспоминал владыка. Из-за того, что Михаил был арестован до исполнения ему восемнадцати лет (совершеннолетие он встретил в камере), приговор был условным. То же самое произошло и с Дагмарой, которая была выпущена из тюрьмы одновременно с ним.

В 1990-е годы имя архиепископа Михаила как исповедника веры было включено в православный мартиролог Санкт-Петербургской епархии.

После освобождения из заключения Михаил продолжил посещения молодежных религиозных кружков. Одновременно развивались и отношения с Дагмарой, которая фактически стала его невестой. Свадьба была сыграна в августе 1932 года, почти два года спустя после выхода из тюрьмы.

Необходимо было начать работать. В начале октября 1930 года на бирже труда Михаил Николаевич был распределен на завод «Красный путиловец» (Кировский завод) чернорабочим. Благодаря проявленным математическим склонностям едва не став бригадиром, 26 ноября он был переведен работать на станки шлифовщиком, где отработал почти год. Работать было довольно тяжело, поскольку Михаил Николаевич, работавший то в утреннюю, то в вечернюю, то в ночную смену, одновременно поступил на третий курс вечернего отделения Института иностранных языков сразу по двум кафедрам – педагогической и переводческой, а также продолжал встречаться с будущей женой. Школьный друг помог поменять работу на более удобную – лаборантом химической лаборатории Ленинградского научно-исследовательского Дизельного института. Здесь Михаил Николаевич проработал полтора года – с ноября 1931 по март 1933 года. 23 июня 1932 умерла любимая бабушка, а уже в августе состоялось бракосочетание Михаила Николаевича и Дагмары Александровны Мудьюгиных. 15 февраля 1933 году Михаил Мудьюгин окончил обучение в Институте иностранных языков с дипломом преподавателя немецкого языка и переводчика технической литературы и сразу поступил на теплотехнический факультет Заочного института металлопромышленности.