Поступив в школу, Михаил Мудьюгин не имел возможности столь часто посещать храм, как это было ранее, но зато расширилась география этих посещений. Теперь он бывал, помимо Афонского подворья, также в Троицком соборе Лавры и в снесенных позднее Знаменской церкви напротив Московского вокзала и в греческой церкви св. Димитрия Солунского, на месте которой теперь стоит БКЗ «Октябрьский». Кроме того, по собственному почину, иногда поддерживаемый бабушкой, Михаил начал заниматься игрой на фортепиано. Брат Влади, который помогал Михаилу осваивать программу начальной школы и на семейном совете настаивал на необходимости отдать брата в школу, выступил также с предложением дать ему и музыкальное образование, начав готовить его к поступлению в музыкальный техникум. Вскоре Михаил поступил во 2-й Музыкальный техникум и учился в нем до его закрытия весной 1925 года. Летом на даче преподавателей техникума Михаил познакомился с известным дирижером и педагогом, профессором Ленинградской консерватории и директором Филармонии Николаем Андреевичем Малько, в 1929 году эмигрировавшим из Советского Союза. Благодаря этому знакомству Михаил смог два с половиной года учиться дирижированию на консерваторских занятиях у Малько вместе с Евгением Мравинским, Николаем Рабиновичем, Александром Мелик-Пашаевым и некоторыми другими впоследствии известными дирижерами.

Религиозный интерес однажды привел к событию, сыгравшему важнейшую роль в жизни Михаила Мудьюгина. Вот как вспоминал об этом сам архиепископ Михаил. «В день Святой Троицы весной 1928 года по какому-то маминому поручению я посетил Дом Ленинградской Торговли на улице Желябова… Выйдя из магазина, я обратил внимание на храм, расположенный как раз напротив здания, из которого я вышел. Подойдя вплотную к входным дверям, я прочел оказавшееся за дверным стеклом объявление примерно следующего содержания: „Здесь по воскресеньям и средам в 19 часов совершается евангелическое лютеранское богослужение на русском языке“. Я вошел в храм и сел на одну из задних скамеек… Пастор в черной рясе (потом я узнал, что она называется таляр) стоял лицом к народу и произносил хорошо знакомый мне Символ веры на русском языке. Это был блондин лет тридцати, высокий, с очень неправильными чертами лица, но с глазами воодушевленными и добрыми». Это был пастор Курт Александрович Мусс, организовавший при Петеркирхе, немецкой лютеранской церкви, молодежный кружок для изучения Евангелия. Главная цель этих занятий заключалась в подготовке к конфирмации – первому причастию юношей и девушек лютеранского вероисповедания. Михаил попросился посещать эти занятия, объяснив пастору, что конфирмироваться не собирается. Как владыка Михаил написал в своих воспоминаниях, «я попросил разрешения посещать занятия с чисто познавательными целями, не беря на себя никаких обязательств». Через какое-то время Михаил уже возглавлял на этих встречах группу конфирмантов из шести человек. Помимо занятий пастор Мусс устраивал также молодежные встречи в пригородах Ленинграда и иногда у себя дома. На одной из таких встреч Михаил познакомился со своей будущей супругой – Дагмарой Александровной Шрайбер, которая на некоторых собраниях преподавала арифметику и языки. Группы встречались также и в помещениях кирхи св. Михаила на Васильевском острове.

Летом 1929 года Михаил, только что закончивший школу, и его брат Владимир решили поступать в ВУЗы: брат повторно в Технологический институт, а Михаил на химический факультет Ленинградского университета. Как дети служащих, они должны были сдавать экзамены повышенной сложности. На экзамене по математике попалось задание по комплексным («мнимым») числам, которое Михаил решить не смог, так как это было задание уже по вузовской программе, и потому зачислен не был. Впрочем, эта попытка ознаменовалась важным продолжением. Вот фрагмент воспоминаний владыки Михаила: «Когда вскоре я встречал приехавшего из свадебного путешествия пастора К. Мусса и сообщил ему о своей неудачной попытке поступить в университет, он сказал мне слова, оказавшиеся пророческими, которые я помнил всю жизнь: „Миша, не огорчайся. Твой путь совершенно иной – тебе надо стать священником.