В 1946 году Михаил Николаевич окончил энергетический факультет Заочного Института металлопромышленности и, защитив в Москве дипломный проект, получил звание инженера-теплотехника по паросиловым установкам. В 1947 году семья вернулась в Ленинград, где Михаил Николаевич работал сначала на 7-й ЛГЭС в качестве старшего инженера Отдела капстроительства, а с 25 июня 1948 по 5 ноября 1954 года – в Центральном котлотурбинном научно-исследовательском институте им. И.И. Ползунова в качестве младшего научного сотрудника и старшего инженера. В октябре 1953 года, окончив аспирантуру при Котлотурбинном институте, он защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата технических наук. В эти годы у Михаила Николаевича родились две дочери – Татьяна и Ксения.

В конце 1940-х – начале 1950-х годов страна стала довольно быстро меняться. Хотя в отношении Церкви перемены стали ощутимы уже в ходе Великой Отечественной войны, государственная политика стала заметно иной только к 1947-1948 году. Несмотря на некоторое облегчение, положение Церкви продолжало быть очень тяжелым, а открытие учебных заведений обещало облегчить кадровую проблему лишь через несколько лет – к началу 1950-х годов. Власти крайне неохотно соглашались и на открытие храмов. Однако после смерти Сталина, казалось, свободы в жизни Церкви стало чуть больше – стали чаще появляться сообщения об открытии храмов, а нападки на церковь в 1955-1957 годах временно поутихли.

По-видимому, эти изменения государственной политики обозначили и изменения в жизни Михаила Николаевича Мудьюгина. Ему показалось, что наступил желанный благоприятный момент для рукоположения в священный сан. Будучи прихожанином Спасо-Преображенского собора, он начал активнее заговаривать о своих намерениях с местным духовенством.

Первым был протоиерей Александр Осипов, который в декабре 1959 года объявил о своем отречении от веры. Женившийся вторым браком в 1951 году, он под предлогом больных ног уже не служил в соборе, но продолжал преподавать в Духовной академии. Мыслей о разрыве с церковью у него, видимо, в тот момент еще не было, лекции по Новому Завету он читал с прежней энергией и убежденностью, все более укрепляясь в том, что ему предстоит «интеллигентское» профессорское будущее. Служить в храме академии отцу Александру запретили только летом 1955 года, а в ноябре скончался оказывавший ему значительную моральную поддержку митрополит Ленинградский Григорий (Чуков). Видимо, разговор с будущим архиепископом Михаилом состоялся незадолго до этих печальных событий. Сам владыка Михаил описывал их встречу так: «Я был в церкви Ленинградской духовной академии, слушал его прекрасную проповедь, увлекся его внешним видом. Это служит большим предостережением, чтобы никто никогда не приходил к Богу, увлекаясь какой-то отдельной личностью, будь то священник или епископ. Это совершенно ложный путь. Я пришел к о. Александру и очень искренне рассказал ему про свою жизнь, свои грехи, свои трудности. И он мне сказал: не надо вам даже думать о духовном сане. Вы светский человек, имеете совершенно определенное и законченное положение в обществе, работаете как научный деятель. Зачем вам это нужно? Своей деятельностью в Церкви вы только ее загрязните, потому что вы не сможете ей отдаваться с такой же интенсивностью, с какой отдаются те, кто в Церкви с молодых ногтей». Однако этот разговор не удовлетворил Михаила Николаевича. Он обратился к клирику собора священнику Михаилу Гундяеву (+1974), отцу Святейшего Патриарха Кирилла. У них наладились дружеские отношения. Святейший Патриарх Кирилл так вспоминал эти годы: «Мое знакомство с Михаилом Николаевичем Мудьюгиным, доцентом одного из ленинградских вузов, состоялось в отроческие годы. Находясь в дружественных отношениях с моим отцом, покойным протоиереем Михаилом, он часто посещал наш дом и проводил с папой долгие часы в интересных беседах». Священник Михаил Гундяев и Михаил Николаевич Мудьюгин начали вместе готовиться к поступлению в семинарию, сдавая ради тренировки друг другу экзамены по семинарской программе. Святейший Патриарх Кирилл связал эту «подпольную просветительскую деятельность» с начавшимися в жизни его отца проблемами: «Отразилось это событие и на жизни нашей семьи. Очень скоро над отцом нависла угроза лишения так называемой регистрации, которая выдавалась уполномоченным по делам религии и являлась фактически разрешением власти на священническую деятельность. По милости Божией эта страшная для каждого священнослужителя того времени участь миновала родителя, и прещения ограничились его переводом из Ленинграда».