Во-вторых, хотелось жить в Ленинграде, и эту мечту удалось осуществить. Архиепископ Михаил так писал об этой своей инициативе: «В конце 1935 или в начале 1936 года я направил почтой председателю Верховного Совета СССР Н. В. Подгорному заявление, где просил снять с меня ограничение, наложенное в 1933 году в связи с невыдачей мне ленпаспорта, что и повлекло за собой двукратный выезд из родного города. Я ссылался на то, что срок моей судимости истек, да и само преступление не имело ничего политического, а моя работа с 1930 года на производстве в Научно-Исследовательском институте, а с конца 1933 года – на учительском поприще может служить доказательством, что я обыкновенный советский человек, трудящийся на благо своей Родины. Ответ пришел примерно через год. Это была открытка следующего содержания: „Главное управление милиции города Ленинграда в ответ на ваше заявление от такого-то числа на имя Председателя Верховного Совета товарища Подгорного сообщает, что вам и вашей супруге Мудьюгиной Д.А. постановлением Президиума Верховного Совета разрешено проживание в городе Ленинграде на общих основаниях“». Чета Мудьюгиных вернулась в Ленинград. Остатки «бабусиной» квартиры – две комнаты – были обменяны на квартиру в Пушкине, куда переехали родители Михаила Николаевича и Дагмара, которая в это время ожидала первенца. Сын Мудьюгиных умер в возрасте шести лет в конце войны. Переезд в конце лета 1937 года из Чудово в Пушкин оказался своевременным – вскоре на заводе прошли массовые аресты. Владыка по этому поводу заметил, что «по-видимому, Бог меня хранил, так как, хотя мое поведение в политическом плане было совершенно безупречным, однако известная всем религиозность, как моя, так и Дагмары, добрые отношения с пострадавшими заводскими производственниками и след, оставленный в нашей жизни после ареста 1930 года, несомненно, могли бы служить поводом для новых неприятностей». Правда, ленинградскую прописку Дагмаре удалось выхлопотать только в 1949 году. Часто встречаясь и расставаясь с супругой, Михаил Николаевич размышлял над природой любви: «У любви и дружбы бывают две судьбы: одна – жить, не расставаясь, другая – постоянных прощаний и встреч. Трудно сказать, какая из них счастливее… В первой нет острых страданий, но сама любовь тупеет, становясь привычкой, и не ценим, что имеем. Вторая – заставляет постоянно ощущать заново всю свою ценность (страшит утрата), но как много в такой любви боли и горечи».

Михаил Николаевич Мудьюгин, 1947 год.

Все эти почти двадцатилетние мытарства, показавшие, насколько верными были слова пастора Мусса о призвании Михаила Мудьюгина, дали возможность будущему архиепископу пережить и понять смысл страдания, который он много лет спустя сформулировал следующим образом: «Через страдания человек очищается и идет к счастью: не следует здесь проводить разграничения между внешними и внутренними страданиями, так как внешние важны лишь постольку, поскольку переживаются нами и, следовательно, являются возбудителями внутренних страданий».

Последующие события, вплоть до принятия сана, мало отразились в воспоминаниях, интервью и сохранившихся документах. С лета 1937 по декабрь 1942 года Михаил Николаевич работал в Центральном Конструкторском Бюро при станкостроительном заводе, вместе с которым в августе 1941 года был эвакуирован с семьей на Урал в Свердловск, а затем в Новосибирск, куда был переведен в строившийся тогда Новосибирский завод «Тяжстанкогидпресс». Здесь он был назначен на должность старшего инженера-теплотехника. Поскольку Михаил Николаевич был военнообязанным, он сам добровольно дважды приходил в военкомат с просьбой отправить его на фронт. Во второй раз ему ответили: «Когда будет нужно, вас призовут. А пока вы нужны там, где работаете».