Руководил литейным производством особый орган государственного управления, который назывался Пушкарский приказ. Первое упоминание о нем относится к 1577 г. Впоследствии вплоть до конца XVII в. именно в стенах этого приказа формировались и осуществлялись наиболее масштабные оборонные проекты, связанные с использованием «высоких технологий» своего времени – артиллерии, фортификации, устройства засечных полос и пр. Артиллерийская область в управлении отечественной обороны выделилась не сразу. До 1577 г. вопросами литья пушек (и колоколов) ведал Пушкарский стол Разрядного приказа – еще одного более старого органа управления XVI в., занимавшегося в большей степени вопросами комплектования армии и ее перевооружением.

Когда Пушкарский приказ выделился в самостоятельную структуру, в числе его сотрудников числились: один боярин (руководитель) и два дьяка (управляющие столами). Таких столов сначала два. Один отвечал за изготовление пушек и колоколов в Москве и, буде надобно, в других городах, а второй занимался вопросами формирования «крепостного наряда» – т. е. строительства, вооружения и обеспечения всем необходимым строящихся крепостей. Впоследствии сфера управления Пушкарского приказа была расширена. Как сообщает немецкий путешественник Адам Олеарий в своих «Записках о путешествии в Россию», относящихся ко второй половине XVII в., «Пушкарский приказ, которому подведомственны все, кому приходится заниматься орудийным и колокольным литьем и вообще военными вооружениями. Таковы литейщики, кузнецы, точильщики сабель; пушкари, мушкетёры, мастера ружейные и пистолетные; не только суд и расправа, но и выдача жалованья им производятся здесь. Начальником здесь, на место безбожного Петра Тихоновича, поставлен боярин князь Юрий Алексеевич Долгорукой».

Не следует думать, что под началом всего трех человек находилось управление столь важным для государства производством. Дьякам, которые возглавляли столы, требовались, в свою очередь помощники – подъячие, а тем целый отряд чиновников поменьше рангом – стряпчих. Многочисленные распоряжения этой гвардии бюрократов предавали бумаге и скрепляли печатями писцы. Чтобы разместить где-то такое количество управленцев, требовалось дать им «в приказ» какое-то здание. Пушкарский приказ несколько раз менял свое месторасположение, однако в силу своей значимости для обороны государства в рассматриваемое время он, судя по всему, находился на Ивановской площади в Кремле, вместе с Разрядным, Стрелецким приказами и Оружейной палатой.

Под началом Пушкарского приказа находилось еще несколько мануфактур, обеспечивавших производство вооружений и боеприпасов. Среди них можно назвать т. н. «Ствольную мельницу» – первый в России специализированный завод по производству стрелкового оружия, построенный в 1648 г. на берегу Яузы, особый Гранатный двор, располагавшийся у Никитских ворот в Москве и специализировавшийся на изготовлении снарядов к пушкам и пороховом производстве.

Первый пороховой завод («Зелейная мельница») был построен в Москве в 1494 г. В первой половине XVI в. московский Пороховой двор, подчинявшийся Пушкарскому приказу, находился неподалеку от Пушечного двора на реке Неглинной около Успенского оврага, в «Алевизовском дворе». В то время это был крупнейший в стране центр «зелейного» производства, с большим числом работающих. Свидетельством служит летописный рассказ о произошедшем здесь в 1531 г. пожаре, во время которого погибло «болею двухсот человек» мастеров и работников. Во второй половине XVI в. крупные «зелейные дворы» работали в Пскове, Вороноче, Острове, Костроме, Коломне, Серпухове, Муроме, Боровске, Туле, Переяславле-Рязанском.