В порядке исключения Объединенный совет мог направить в Президиум ВЦИК8 ходатайство о полном освобождении от военной службы, без замены ее какой-либо другой гражданской обязанностью, «если может быть специально доказана недопустимость такой замены с точки зрения не только религиозного убеждения вообще, но и сектантской литературы, а равно личной жизни соответствующего лица» (статья 3 декрета от 4 января 1919 г.).

Кандидат исторических наук, доцент К. В. Стволыгин оценивает максимальное число лиц, чьи религиозные убеждения подверглись экспертизе Объединенного совета в годы Гражданской войны, примерно в 40 тысяч человек. Это менее 1% от численности Красной армии, которая к ноябрю 1920 г. достигла 5,5 миллионов человек9.

Случаи освобождения от службы с оружием встречались и на территориях, контролируемых Белым движением. В августе 1919 г. Главнокомандующий Вооружёнными силами Юга России генерал А. И. Деникин дал указание назначать евангельских христиан, баптистов и духовных христиан (духоборы, молокане и др.) Северного Кавказа исключительно на санитарные должности10.

Противоборствующие стороны Гражданской войны допускали освобождение от военной службы только по религиозным убеждениям. Светское пацифистское мировоззрение и антимилитаристские взгляды в то время не рассматривались как основание для отказа брать в руки оружие.

В апреле 1923 г. был арестован председатель Всероссийского союза евангельских христиан Иван Проханов, обвиненный в антисоветской деятельности. Ранее он опубликовал воззвание «Голос с Востока», содержавшее пацифистские идеи, которое власти восприняли как призыв к гражданам не участвовать в военных действиях11. После трехмесячного заключения Проханов признал военную службу обязательной для евангельских христиан. Данную позицию подтвердил IX съезд членов религиозного движения в сентябре 1923 г.

Резолюции об отказе от пацифизма приняли баптисты в ноябре 1923 г. и адвентисты седьмого дня в августе 1924 г. В мае 1928 г. XI Всесоюзный съезд адвентистов признал службу в Красной армии обязательной.

Практика замены военной службы гражданской постепенно была свернута. В законе 1939 г. «О всеобщей воинской повинности» такая замена уже не предусматривалась. На общегосударственном уровне12 АГС возродилась в России более чем через полвека.

Согласно части 3 статьи 59 Конституции 1993 г. «гражданин Российской Федерации в случае, если его убеждениям или вероисповеданию противоречит несение военной службы, а также в иных установленных федеральным законом случаях имеет право на замену ее альтернативной гражданской службой».

В течение почти десяти лет после принятия Конституции порядок направления на данную службу, сроки и место ее прохождения на законодательном уровне не определялись. Призывные комиссии оставляли без удовлетворения заявления о замене вида службы, либо откладывали направление на АГС до принятия соответствующего закона.

В 2002 г. Федеральный закон «Об альтернативной гражданской службе» был принят и вступил в силу с 1 января 2004 г.

По информации Федеральной службы по труду и занятости на 1 февраля 2019 г. АГС в России проходили 1125 человек13. При этом, как сообщала «Российская газета», на военную службу только в осеннюю призывную кампанию 2018 г. было призвано 132 500 человек14. На 1 августа 2020 г. альтернативную гражданскую службу проходили 1206 человек15, а на военную по итогам весеннего призыва 2020 г. было направлено 135 000 новобранцев16. Таким образом, количество альтернативнослужащих не превышает 1% от численности граждан, призываемых в армию. Существовавшие до принятия закона опасения, что АГС может помешать выполнению планов призыва в армию, не подтвердились.