На Урале и в руководстве Геологического комитета страны придерживались иной версии происхождения алмазов, опираясь на опыт работ на Урале. Такой источник происхождения алмазов как кимберлиты старались исключить из рассмотрения как отсутствующий в геологии Уральских гор. Арсений Баров стремился устранить конкурентов и выискивал для этого убедительные причины. В то же время, не имея научно обоснованных аргументов, Баров призывал к обсуждению предложений о расширении геолого-поисковых работ, рассчитывая, что группа геологов под руководством Мушкетова откроет «карты», в чем-то ошибется, и тогда можно будет официально предъявить обвинения и в конце концов устранить влияние ученых, уже кулуарно записанных во вредители.

Предварительный отчет об исследованиях был представлен помощником Мушкетова Соболевым в Госплан в начале 1937 года с предложением провести первые поисковые работы на Сибирской платформе. Прошло три месяца, и последовали оргвыводы, которые основывались на заявлениях сотрудников комитета геологии и отзывах геологов с Урала. Основной посыл в заключении, инициированный партийными органами, состоял в том, что авторы отчета стремятся увести направление поиска алмазов в ложную сторону и оставить страну без алмазного сырья.

Разбирательства между различными геологическими центрами страны, горячая полемика, обмен «уколами», привели к «сигналам» в компетентные органы и вскоре последовали первые аресты геологов, продвигавших африканскую кимберлитовую теорию происхождения алмазов.

Ранее всех арестовали Дмитрия Мушкетова, и эта весть ошеломила всех: казалось, повод для ареста крупного ученого-геолога не может быть связан с его работой, в которой ничего, кроме исследования геологических процессов, казалось, быть не могло. Но скоро выяснилось, что поводом для арестов послужили доносы, в которых ряд геологов, входящих в окружение Мушкетова, обвиняли в контрреволюционной террористической деятельности в составе организованной группы, сформировавшейся в период поездок ученых за рубеж для участия в геологических конгрессах.

Долго копившееся напряжение разрядилось стремительно, и градус научной полемики сразу сошел на нет.

Николай Федоровский тут же взялся прятать свою коллекцию пиропов и кимберлита, карты и материалы по геологии алмазов, понимая, что скоро, вероятно, придут и за ним. Ему удалось в подвалах института найти потаенные помещения и под видом проб с железорудного месторождения из-под Курска спрятать несколько пакетов с материалами, известив только тех, в ком был уверен.

Мушкетов и другие арестованные геологи были помещены в Бутырскую тюрьму, и началось длительное многоэтапное расследование, бесконечные, выматывающие силы унизительные допросы.

Из доносов, ставших источниками уголовных дел, следовало, что преступная организация была создана Мушкетовым в период его поездки в Южную Африку, и, соответственно, следуя логике расследования, все, кто входил в состав делегации, оказались под пристальным вниманием. Вскоре были арестованы многие из тех, кто сотрудничал в последние годы с Мушкетовым.

Новая сталинская конституция, принятая накануне, свободно переводила все проблемы в стране в плоскость классовой борьбы, и стоило высказать отличное от устраивающих всех мнение, как тут же подтягивали неоспоримый и часто совершенно бездоказательный аргумент о скрытых мотивах вредительства государству рабочих и крестьян. Среди таковых видели в первую очередь специалистов «из бывших», то есть получивших образование и служивших еще при царском режиме. В подавляющем своем большинстве это были образованные, опытные и преданные делу геологического развития страны люди.