Помимо двух спорных моментов (разделение Мусея и Библиотеки, и локализация гробницы Александра), следует учитывать и то обстоятельство, что карта Махмуда Бея запечатлела античный город на последней фазе его существования – в позднеримское и ранневизантийское время. Александрия неоднократно восстанавливалась римлянами после нанесённых ими же ран, а после торжества христианства могли быть нарушены и границы священных участков языческих храмов, на что римляне вряд ли решались до IV века. Как выяснилось недавно, город заново отстраивался ещё в 620-е годы, при императоре Ираклии, на короткое время отвоевавшем его у персов, чтобы вскоре уступить арабам. Тем не менее, реконструкция Махмуда Бея и сегодня остаётся основанием всех последующих планов, корректируемых по мере появления новой информации.
Изыскания Махмуда Бея проводились ещё «на поверхности» города. Археологи, увлёкшись раскопками египетских памятников времени фараонов, пока что мало внимания уделяли греко-римским древностям. Но вот в 1893 году, уже после британской оккупации, создаётся Archaeological Society of Alexandria, или, как гораздо чаще называли её сами англичане, поскольку французский тогда ещё безраздельно доминировал над английским в качестве языка международного общения: Société Archéologique d’Alexandrie. На французском же долгое время выпускались и отчёты деятельности сообщества. Годом ранее был открыт публике Греко-Римский музей, руководство которым много лет осуществляли итальянцы – Джузеппе Ботти, затем Эваристо Брекчия и Ахилле Адриани. Поочерёдно они, вплоть до начала 1930-х (после чего работу продолжил англичанин Алан Роу), вели раскопки на обширном пустыре в южной части города, над которым возвышалась тридцатиметровая колонна асуанского гранита с коринфской капителью, приписываемая Гнею Помпею, а на самом деле воздвигнутая Диоклетианом в 297 году от Р. Х. в качестве памятника победы над мятежными александрийцами. Под ней была вскрыта почти такой же высоты каменная терраса, бывшая основанием большого храма Сераписа. Её арочные своды перекрывали большие помещения, где, скорее всего, размещались читальные залы и хранилища второй крупнейшей библиотеки античного города. Сам храм, посвящённый синкретическому божеству, общему для эллинов и египтян, как показали раскопки, имел вполне греческий облик (как и обнаруженное рядом малое святилище другого синкретического божества – Гарпократа). О египетском влиянии напоминали лишь стоящие на террасе фигуры гранитных сфинксов. Прямоугольной формы теменос (священный участок), к которому вели две каменные лестницы, имел за глухими наружными стенами просторные портики, обрамлённые стройными колоннами. В центре, рядом с открытым жертвенником, стоял окружённый такими же гранитными колоннами типичный для античной архитектуры периптер.
Выборочные раскопки, одновременно проводившиеся в Эль-Шатби, на месте царских дворцов, также выявили, ставшие экспонатами Греко-Римского музея, совершенно греческие по исполнению капители ионических и коринфских колонн, памятники пластики и многочисленную керамику. Это надолго укрепило археологов в их убеждении, что Александрия была типичным эллинистическим городом, с некоторыми вкраплениями традиционного египетского искусства. Широкой публике в 1910-е годы было представлено иллюстрированное издание находок немецкой экспедиции Эрнста фон Зиглина