На этом дневник Пирогова обрывается.

За день до смерти, 22 октября 1881 года, Николай Иванович написал: «Ой, скорей, скорей! Худо, худо! Так, пожалуй, не успею и половины петербургской жизни описать». Он не успел.

За месяц до смерти Пирогова его супруга Александра Антоновна написала патологоанатому Давиду Выводцеву письмо: «Милостивый государь Давид Ильич, извините, если я Вас обеспокою моим печальным письмом. Николай Иванович лежит на смертной постели. Вы прислали ему ко дню юбилея Вашу книгу о бальзамировании. Могу ли я надеяться, что Вы предпримете труд бальзамирования его тела, которое я бы желала сохранить в нетленном виде. Если Вы согласны, то уведомьте меня».

Давид Ильич Выводцев – видный российский хирург и анатом, доктор медицины, автор ряда научных трудов в области топографической анатомии и хирургии, специалист по минимально-инвазивному бальзамированию трупов. Он был лечащим врачом Пирогова в последние годы жизни.

Метод бальзамирования, предложенный Выводцевым, был апробирован в ситуации внезапной смерти китайского посла в Санкт-Петербурге. Забальзамированное Выводцевым тело посла выдержало весьма длительное по тем временам путешествие в Пекин. Весь необходимый для процедуры бальзамирования инструментарий был также спроектирован Выводцевым. За свой метод 19 января 1876 года доктор Выводцев был удостоен первой премии на Филадельфийской международной выставке.

И. И. Матюшин. Николай Иванович Пирогов на смертном одре. Гравюра. 1881 г.

Еще в 1879 году Д. И. Выводцев опубликовал свою работу под названием «О бальзамировании вообще и о новейшем способе бальзамирования трупов без вскрытия полостей посредством салициловой кислоты и тимола», которая была практически единственной в России книгой по бальзамированию.

Выводцев согласился забальзамировать по своему методу тело Пирогова, но на это требовалось разрешение Святейшего синода. Такое разрешение было получено. В виде исключения, «отмечая заслуги раба Божьего…», духовенство разрешило не предавать тело Пирогова земле, а забальзамировать его.

Бальзамирование могло быть эффективным, только если оно проведено сразу вскоре после смерти, поэтому к бальзамированию надо было приготовиться заранее. Вопрос о бальзамировании своего тела возник, по-видимому, у Пирогова не накануне своей смерти, он обдумал его значительно раньше.

Перед бальзамированием тела Пирогова Выводцев вырезал часть опухоли, занимавшей всю правую половину верхней челюсти и распространившейся по полости носа. Опухоль была исследована в Петербурге, исследования подтвердили, что у Н. И. Пирогова оказался характерный «роговой рак», о чем он сам и писал.

До сих пор остается тайной, почему Пирогов разрешил забальзамировать свое тел после смерти. Перевозить тело никуда не требовалось, Н. И. Пирогов оставался в своем фамильном склепе. Походить на царствующие особы великий хирург явно не желал, и его похороны были довольно скромными.

Николай Иванович Пирогов умер в селе Вишня 23 ноября 1881 года.

24 января 1882 года саркофаг с телом Николая Пирогова, дотоле пребывавший в деревянной кладбищенской церкви неподалеку от усадьбы, был установлен в склепе. Три года спустя над ним построили церковь, престол которой освятили во имя Николая Чудотворца.

В 1947 году в усадьбе Пирогова был открыт музей. Сегодня это Национальный музей-усадьба Н. И. Пирогова, который включает в себя дом ученого, его аптеку, усадьбу, сад и парк, фамильную церковь, в которой покоится забальзамированное тело великого хирурга.

В коллекции музея более 15 тысяч уникальных экспонатов – личные вещи, медицинский инструментарий, в библиотеке около 12 тысяч книг и журналов, многие из них с пометками самого Пирогова. Экспозиции музея рассказывают о врачебной, педагогической и общественной деятельности ученого. В восстановленных рабочем кабинете хирурга, его приемной комнате, операционной и аптеке все так, как было при его жизни. Восковые фигуры самого Пирогова и его пациентов усиливают у посетителей впечатление реальности всего окружающего.